随着单细胞和空间技术如火如荼的进行，更加要求单细胞技术应用在更加广泛的区域，其中转基因和病毒感染的样本是其中一个很火的方向，但是如果采用通常的10X单细胞转录组测序分析，很多是无法达到预期的目的，这里分享一些在公司做这些项目的一些经验，供大家参考。
首先第一个方向，转基因
前提
转基因转入到了基因组（插入的位置可能是随机的）并且成功表达，这个用PCR技术可以验证。真核生物表达基因是会在基因的表达过程添加5’帽子和3‘A尾，从而实现对基因的捕获。
对于转基因的样本做单细胞测序，我们需要看到转基因在哪些细胞中表达，高低如何，是否符合我们的预期。
（1）分析过程
首先第一步，参考基因组，单独将转基因的基因序列添加到我们的参考基因组进行比对，这个是最常见的做法，但这一步有两个需要考虑的地方。
考虑一、是否将转基因序列和参考基因组合并在一起进行比对？
最常用的方法就是放在一起比对，从实际效果看，会看到部分转基因表达的细胞，项目经验告诉我们这个方法得到的转基因细胞比较少（项目经验，不具有全面性），也就是说，这样的方法会得到预期的效果。
如果单独对外源基因进行比对分析，其实和上面的效果差不多，但是稍微多一点（猜想可能是有些序列可能会比对到多个位置）
考虑二、选择3’还是5‘作为测序的策略？
3‘转的A尾，5’抓的帽子，从特异性来看，5‘更好，因为抓取的3‘段有一段为ployA，真正比对到基因组上的序列比5’要短，那比对到多个区域的可能性就会增加，外源基因可能会被掩盖。
当然，转基因测序方向可替代的技术很成熟，不一定非要使用10X单细胞技术
第二个方向，病毒序列，最火的就是新冠（COVID-19）
我们通过测序非常想知道COVID-19到底侵染了哪些细胞类型，对于细胞类型来说，我们单细胞测序可以得到各种细胞类型的反应，推测细胞类型之间的交流，进一步推断免疫细胞作用的细胞类型和位置，但是我们必须要承认的是，这些都是推测，只是帮我们认识，并不能真正运用，那也就是说，我们必须真正知道COVID-19到底侵染了什么细胞，这些细胞类型具体在什么位置，COVID的发病过程中哪些细胞起到了“帮凶”的作用。具体来说，需要在细胞中测到COVID-19的感染序列。
分析策略，跟上面一致，但是需要注意两点
（1）3‘还是5’？？？
答案，5‘，如果你问什么，我就要说，看上文，以及，项目经验。
（2）单独还是联合的参考基因组？
答案，单独的，如果问为什么，看上文，以及，文献经验。
这只是一个粗浅的认识，项目经验和理论结合才可以真正发挥作用，大家要根据自己的实际情况，分析和解决我们的实际问题。
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