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单细胞SRR数据拆分

单细胞SRR数据拆分

作者: Zee_李海海 | 来源:发表于2021-11-10 13:41 被阅读0次

    10X单细胞转录组测序数据的 SRA转fastq

    fastq-dump SRA转fastq

    #10x SRR需要加--split-file和--include-technical参数
    fasterq-dump -O ./ --split-files -e 40 ./SRR7722937  --include-technical
    ls -lh
    

    参考链接:
    10X单细胞转录组测序数据的 SRA转fastq踩坑那些事
    fasterq快速转换sra文件到fastq测序数据
    单细胞实战(二) cell ranger使用前注意事项

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