欢迎关注"生信修炼手册"!
tRNAdb 收录了来自577个物种的12000个tRNA基因和来自104个物种的623条tRNA序列，除了基本的序列信息外，还提供了二级结构的数据。
官网链接如下
http://trna.bioinf.uni-leipzig.de/DataOutput/
官网提供了两种检索数据的方式，第一种是物种的进化树浏览器，第二种是条件检索框。
1. 进化树浏览器
tRNAdb提供了进化树的浏览方式，点击+展开次级分类，从而查找某个具体的物种。
2. 条件检索框
提供了多种条件检索方式，可以按照基因/序列进行筛选，也可以按照转运的氨基酸类型，甚至是按照二级结构检索，示意图如下
检索结果示意图如下
检索结果中给出了物种和转运的氨基酸类型等基本信息，其中序列信息以二级结构不同区域进行了划分。tRNA的二级结构是一个三叶草的形状， 示意图如下
在tRNAdb中，将二级结构划分成了以下几个区域
-
Acc-stem
氨基酸接受茎 -
D-stem
D茎 -
D-loop
D环 -
Ac-stem
反密码茎 -
Ac-loop
反密码环 -
V-region
可变臂 -
T-stem
T茎 -
T-loop
T环 -
CCA
默端用于连接氨基酸的CCA
点击眼睛图标可以查看某个tRNA二级结构，示意图如下
在检索结果页面底部，可以下载选中的tRNA序列
扫描关注微信号，更多精彩内容等着你！
网友评论