Linux常识

• echo可以打印字符串，也可以打印变量值，变量调用要加$
• 在给变量赋值时，=前后不要有空格（跟R语言相反）
• 我们普通用户常见的环境变量是HOME、PATH（命令的目录列表）
• 激活一个小环境，就相当于把小环境的bin路径添加到PATH里面，在任何地方都可以使用这些命令；退出这个小环境，就相当于把它的bin路径从PATH里删除。

Linux下的软件安装

首选当然用conda安装，因为conda会把需要安装软件的其他各种依赖的库文件之类的都搞定，唯一需要注意的是，一定要创建一个个小环境，不然所有软件都在base环境下，一旦软件间依赖出问题，这个环境崩溃了，就没有可用的（如果是小环境，搞崩溃了，实在搞不好，可以把这个小环境删除了，对其他小环境没影响）。其他的安装还包括：

1、二进制文件（binary）的安装

相对比较简单。因为二进制包里面包括了已经经过编译的，可以马上运行的程序。解压出来就能用了（只要注意调用的时候把路径写对）
过程：1、下载----2、解压-----3、添加到PATH

2、源代码（source code）的安装

过程：1、下载----2、解压----3、编译三部曲------4、添加到PATH

3、java编译的软件的安装

过程：1、下载-----2、解压-----3、java -jar XXXX.jar(文件名，一定要把路径写对）

小知识怎么看一个软件的压缩包是上面提到的二进制还是源代码？

首先，二进制格式的包名字很长，都带有版本号、适应平台、适应的硬件类型等,比如说hisat1-1.1.0-Linux_X86_64.zip，而源代码格式仅仅就是一个版本号的tar包比如samtools-1.10.tar.bz2
然后，解压后的文件里，二进制格式的包里很多可执行文件（绿色的）；而源代码格式的很多白色的普通文件，包括什么config、configure之类的文件。