MCScanX有两个主要的功能, 一是, 方便使用者发现共线性(collinearity)和同线性(synteny)关系并且可以从共线性区块中看到清晰多重比对; 二是, 通过其中众多的辅助脚本, 更形象的分析同线性和共线性的数据。
参考下面链接就从零开始共线性的分析吧~
https://www.jianshu.com/p/88dcb3cdd18b
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本文标题：共线性分析——MCScanX
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