Hi-C的优势在于其结合了二代测序，这势必也使得其数据分析相对复杂了。目前比较成熟的数据分析流程大致包含6个步骤：
（1） 前期raw reads过滤（跟一般二代测序数据处理基本一致）
（2） 序列比对。建议采用pair-end测序模式
（3） 定位酶切位点。比对寻找到reads pairs在基因组物理位置之后，通过插入片段大小的限制搜索reads pairs两端每条read所对应的最近的酶切片段。酶切片段的位置代表了DNA交互产生的大致位置
（4） 筛选出有效的比对片段。配对的reads位于酶切位点两端且mapped的方向相反
（5） 整合DNA 片段交互强度。
（6） DNA片段交互矩阵标准化。
分析流程可如下图所示：
作者：LeoinUSA
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