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思路清奇SCI:09.p-EMT+肝癌(4.48分)

思路清奇SCI:09.p-EMT+肝癌(4.48分)

作者: 高大石头 | 来源:发表于2021-04-27 00:03 被阅读0次

发表杂志:Journal of Cellular and Molecluar Medicine
PMID:33215860

知识点

  1. HCCDB:包含15个常见的肝癌数据集
  2. p-EMT:partial epithelial mesenchymal transition 部分EMT,是EMT的中间状态

科学问题

转移性细胞癌表达一定量的E-cadherin,而处于p-EMT状态的癌细胞具有强烈的趋势适应转移环境,具有更高的转移风险。探讨p-EMT相关基因与肝癌的关系。

整体思路

结果

1.mRNA周边

1.1 表达(N vs T)

Fig.1

1.2 预后

Fig.2

1.3富集分析

Fig.3

1.4 突变+PPI

Fig.4

2.ceRNA网络构建

2.1 miRNA

Fig.5

2.2 lncRNA

Fig.6

3.临床样本验证

Fig.7

感悟:

  1. 整体思路比较清晰,围绕p-EMT相关基因的周边(表达、预后、突变和PPI),再加上ceRNA网络构建,和临床样本验证,相对思路比较完整。
  2. 亮点:p-EMT
    参考链接:
    Comprehensive analysis of partial epithelial mesenchymal transition-related genes in hepatocellular carcinoma

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