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TBtools | ChIPseq/DAPseq数据分析,从原始

TBtools | ChIPseq/DAPseq数据分析,从原始

作者: 生信石头 | 来源:发表于2022-06-07 10:34 被阅读0次

    “你就那么有时间?”
    当然不是。端午三天假期,分别推出了三个插件:

    1. 基因组测序数据读段回贴
    2. SAM/BAM/CRAM Sort & Mark Duplicates
    3. Variant Calling & Filtering

    至于这些插件为什么要写?前面也已经提过。
    一者是,分子辅助育种,已是常见育种手段,我们都需要了解自己的材料;
    二者是,相关储备工作,我早已准备妥当,多少就是打个GUI的问题。

    于是,上述倒没什么好说的。
    有时候,如果因为一些生活琐事,心情无法平复。我会选择,要么就写写程序,要么就写写推文。
    我们不能太看重一个事物,或者一个结果,这会让你过得煎熬。我无数次问自己,人生最重要的是什么?当然,我也清楚,这个不会有答案,尽管我知道答案。

    至于「MACS2 GUI Wrapper」,这个插件出现后,可以让所有「TBtools」用户轻松在不同平台,如「Windows」或者「MacOS」上,从原始测序数据到 Peaks,自主完成分析。相比于其他所有解决策略,「TBtools」是最为简单的本地化分析策略,只要你有数据,也有安装「TBtools」就可以,一键安装插件,一键完成分析。


    具体这个帖子倒不是教程贴,因为他似乎不需要....毕竟你就是输入两个文件就可以了。可以是两个bed,也可以是两个bam。设置一下输出目录和基因组大小,一切搞定。

    写这个博文,主要还是简单记录一下,这个插件开发过程的一些情况。
    我尝试了不同方式,不清楚是多少种,包括不同的跨平台实现模式,其中安装方式测试了很多,而运行时也可能遇到问题,于是运行方式也测试了很多;甚至也修改了一些源码云云。总之,用去了我说实话,挺多时间。我选择了放弃,但是又捡起来;要知道,针对 MACS2 的打包,这个念头在三四年前就有了。换句话说,我曾经为此付出了不少时间,也是尝试然后放弃,再尝试再放弃。
    这一次,我还是放弃了,经过一天的尝试。从早上8点到晚上20点。说实话,我累了。我真的累了。因为现在的时间不应该用在这上面。每一次尝试都是对自己的一次拷问,到底这个方向对不对,是不是,可以不可以?时间花在这里值得吗?明显不值得。因为我还有很多其他事情要做。
    是的,最后我放弃了。但是我又很不甘心。要知道,打包 Python 程序其实是一直以来的计划,他不是很稳定。不是因为不能打包python,而是因为很多所谓python程序包,他本身就只能在 Linux 或者 Unix 系统下运行。到 Windows下,不可能的。其中涉及到各位诸如系统库或者路径等问题。那怎么搞?
    当然,我突然想起来,很久以前被我关闭,但是忘了删除的一个失败项目。当时为了这个失败的项目,我从设计到实现,到最后发现从操作系统底层上,发现就是不可行,也足足花费了三四天。结局就是,这个东西,不可行。
    但事实是,经过这一番折腾,我其实收获了一些副产品。而正是这个失败的项目开发过程的副产品,似乎就可以用来解决 python 程序打包或者说 macs2 的打包问题。
    转念一想,又测试了三四个小时.....发现确实可行....
    至此,从某个角度来说,「TBtools」的 Plugin 拓展,直接上升了一个台阶~ 未来会有更多复杂的功能变得简单易用。
    当然,至于「Python Server」插件,说实话,我还是没想好。暂时确实没时间去折腾Python的便携性处理。感觉上,可能比 R 包还麻烦。尽管,后者相关几乎完全解决了。

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