一个比较简洁的火山图作图包

又是火山图：

火山图。。。。。真的很多了ggplot做火山图---添加任意基因标签|||突出显示标记基因 ggplot做对角线火山图---与单细胞差异基因可视化更配哦
复现NC图表：ggplot做双曲线阈值火山图
。。。。。。。
不再列举了
我记得之前我们写单细胞差异基因分析的时候介绍过一个做火山图的函数，因为很方便查看数据，所以推荐了。其实这个火山图包进行仔细的推敲和琢磨，还是能做出NCS级别火山图的，对于不想从头画很多ggplot参数的小伙伴来说是不错的选择。详细注释代码及示例数据已上传群文件！

library(EnhancedVolcano)
setwd("D:/KS项目/公众号文章/新的火山图")
df <- read.csv("DEGs_trans.csv", header = T)


keyvals <- ifelse(
  df$log2FoldChange < -2 & df$pvalue < 0.01, 'royalblue3',
  ifelse(df$log2FoldChange > 2 & df$pvalue <0.01, 'red3','grey87'))
keyvals[is.na(keyvals)] <- 'grey87'
names(keyvals)[keyvals == 'red3'] <- 'Up'
names(keyvals)[keyvals == 'grey87'] <- 'nosig'
names(keyvals)[keyvals == 'royalblue3'] <- 'down'

EnhancedVolcano(df,
                lab = df$gene,
                legendPosition = 'none',
                x = 'log2FoldChange',
                y = 'pvalue',
                subtitle = NULL,
                title = "Female vs Male DEGs",
                # ylim = c(0, 50),
                # xlim = c(-0.5, 0.5),
                axisLabSize = 12,
                FCcutoff = 2, 
                pCutoff = 0.01,
                # pointSize = c(ifelse(abs(df$log2FoldChange)>5 & df$pvalue<0.01, 3, 1)),
                labSize = 4,
                colCustom = keyvals,
                colAlpha = 0.8,
                gridlines.major = F, 
                gridlines.minor = F,
                border = 'full', 
                borderWidth = 0.5, 
                borderColour = 'black')

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