生信中遇到的坑

1.删除软链接时把原文件也删除了

ln -s   ~/workspace/tree/test/ ./ #软链接一个文件夹
rm test   # 仅删除软链接，不影响原文件夹
rm -rf test #删除软链接，同时删去原文件夹

2.samtools 合并bam 文件

samtools merge 合并排序后的bam 文件
samtools cat 合并bam 文件

samtools merge -@ 35  merge.hic.REduced.paired_only.sort.bam hic_lib1.REduced.paired_only.sort.bam  \
hic_lib2.REduced.paired_only.sort.bam hic_lib3.REduced.paired_only.sort.bam  \
hic_lib4.REduced.paired_only.sort.bam

samtools cat  -@ 35  merge.hic.REduced.paired_only.bam hic_lib1.REduced.paired_only.bam  \
hic_lib2.REduced.paired_only.bam hic_lib3.REduced.paired_only.bam  \
hic_lib4.REduced.paired_only.bam

3.二代数据或三代数据比对

bwa 需要建索引
minimap2 不需要

zcat ./hifi_date/*.fasta.gz  > reads_all.fastq
minimap2 -ax map-hifi --split-prefix My_prefix -t 40 ./ref.genome.fasta  reads_all.fastq |
samtools sort -@ 40 - > Alignment.bam
samtools index -@ 40 Alignment.bam 

bwa index  ref.genome.fasta # 建索引
bwa mem  -t 15 result.fa Sa_good_1.fastq.gz Sa_good_2.fastq.gz > hic_lib1.sam

4.检查bam 文件完整性

序列比对产生的文件很大，大小可能会超过存储空间，产生报错。
通过以下命令检验bam 文件有效性

samtools quickcheck *.bam && echo 'all ok' \
       || echo 'fail!'

5. conda 安装软件版本冲突

我使用 conda install -c bioconda pysam=0.16.0.1 命令在python2环境下安装pysam,报的错误很严重。

Collecting package metadata (current_repodata.json): done
Solving environment: failed with initial frozen solve. Retrying with flexible solve.
Solving environment: failed with repodata from current_repodata.json, will retry with next repodata source.
Collecting package metadata (repodata.json): done
Solving environment: failed with initial frozen solve. Retrying with flexible solve.
Solving environment: / 
Found conflicts! Looking for incompatible packages.        failed                                                                                                                                  
UnsatisfiableError: The following specifications were found to be incompatible with each other:
Output in format: Requested package -> Available versionsThe following specifications were found to be incompatible with your system:
  - feature:/linux-64::__glibc==2.17=0
  - pysam=0.16.0.1 -> libgcc-ng[version='>=9.3.0'] -> __glibc[version='>=2.17']
  - python=2.7 -> libgcc-ng[version='>=11.2.0'] -> __glibc[version='>=2.17']

Your installed version is: 2.17

没有太读明白报错信息，在师兄建议下使用 pip install pysam==0.16.0.1 -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple 成功安装 ，其中-i 指定国内的下载镜像。

有的文章建议使用下面两个命令，但是这次我没有尝试。

conda  install -c bioconda -c conda-forge  softname
conda install -c conda-forge softname

https://www.iotword.com/8375.html
https://www.jianshu.com/p/9a4b0ab62ba2

6. fastq or fasta 傻傻乎乎搞不懂？

我昨天用GraphAligner把HiFi数据比对到参考基因组，HIFi数据完好无损，也输入正确的文件名，但软件日志信息提示input 0 reads。后面我发现是HIFi数据的命名问题。HIFi数据按常理来说是fastq格式，但实际上是fasta文件。可能文件名命名错误让软件无法运行。

mv  merge_all.fastq  merge_all.fasta
GraphAligner -g ref.gfa -f merge_all.fasta -a mapping.gaf -x vg -t 30 

7. linux 与win 换行符

Linux 换行符 \n
win 换行符 \r\n
将notepad 开启显示符号，打开文件查看换行符区别（或者使用cat - A ）

win 换行符
Linux 换行符

可以使用以下命令将win 换行符转化为Linux

dos2unix file.txt # win系统换行符转化为Linux
or 
sed  's/\r//'  file.txt  > new.file.txt

待更新