不时有朋友问到 QTLseqR 插件报错相关信息。事实上，因为我主要做果树材料，较少有杂交或者自交群体，于是 BSAseq 其实很少使用。自然，对于报错也没太了解原因。
估摸着也有一个月，有个做花生的朋友一直用 TBtools 在折腾，甚至还为了跑 TBtools 的重测序数据分析流程，购置了相关云电脑。想着他这么积极，我便也只好花花时间，配合升级了查看了相关插件。对应到，最后发现有两个 QTLseqR 包相关报错和解决办法。
参考基因组中，染色体序列太长，而窗口太小
一般情况下，只要提高一下 windows size 参数可以解决这个问题
参考基因组中，染色体碎片太多，窗口长度大于碎片长度
解决办法简单：
- 在读段回贴之前，先对基因组过滤，去除碎片
- QTLseqR 的时候，指定为较大的染色体集合
arahy.Tifrunner.gnm1.Arahy.01,arahy.Tifrunner.gnm1.Arahy.02,....,arahy.Tifrunner.gnm1.Arahy.19,arahy.Tifrunner.gnm1.Arahy.20
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