2020-12-21利用PopART绘制单倍型网络图

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A图中就是一个单体型网络，每个彩色圆代表一种单体型，圆的大小表示该单体型包含的样本数，两个圆之间的连线表示两个单体型彼此相关，连线上的短线表示从一个单体型变为另一个单体型需要经历的碱基替换个数。另外，每个灰色的圆点表示软件推断可能存在的单体型，但没有样品。

B图为单体型地图，同A图，每个彩色圆代表一种单体型，圆的大小表示该单体型包含的样本数。

**该示意图展示的单体型只在一个群体中出现，但大部分情况一个单体型会出现于多个群体中，因此，多数文章的单体型网络图中，各个单体型圆会用不同颜色填充，也就是常见的饼图，一种颜色表示一个群体（如按地理分布和亚种分布等）。
参考简书
作者：EwanH

1.利用Dnasp6和PopART进行单倍型网络和单倍型地图

1.1 软件准备

Dnasp6下载链接

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PopART下载链接
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这个网站很漂亮，的确是Pop art 哈哈哈

2.数据准备

PopART的输入文件格式是.nex格式文件，该文件主要包含两个部分内容：前面data和后面的TRAITS，即前面是统计fasta文件的序列信息等，后面是序列的分组信息。

2.1 fasta文件准备

对fasta文件首先进行多序列比对，利用任何多序列比对软件都可以实现，最终保存成fasta文件格式。

2.1.1 使用MEGA-X进行多序列比对

file << open A File/Session ..
输入文件

image.png image.png

对文件进行多序列比对

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输出多序列比对结果

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2.1.2 利用Dnasp6软件对MEGA-X软件输出文件进行统计分析

载入多序列比对保存的fasta文件
file >> open Data File
进行单倍型统计分析
Generate >> Haplotype File Date

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保存

2.1.3 对nex文件利用txt打开后填写性状分组信息