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[TOC]

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安装环境

Ubuntu18.10
SPAdes 3.13.0
System information:
SPAdes version: 3.13.0
Python version: 2.7.15
OS: Linux-4.18.0-12-generic-x86_64-with-Ubuntu-18.10-cosmic

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安装

http://cab.spbu.ru/software/spades/
在官网可以下载binaries文件
解压后进入文件夹可以直接运行

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试用

<spades installation dir>/spades.py --test
上面的代码可以试验

To run SPAdes from the command line, type
spades.py [options] -o <output_dir>

上面的代码可以运行整个assembly 的流程。
还有

spades-bwa
spades-core
spades-corrector-core
spades-gbuilder
spades-hammer
spades-ionhammer
spades-kmercount
spades-truseq-scfcorrection

等局部的流程。