分享个北大的课件

作者: 夕颜00 | 来源:发表于2020-12-16 11:12 被阅读0次

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里面有电子书、ppt、文献：
网址：http://3d-genome.life/

一、基因组学分析课程

课程介绍

本课程面向生物信息和湿实验室同学，学习R语言、统计模型和实例组学数据分析。
2020年秋季开课信息：9月22日开始，每周二下午3:10-5:00，北京大学二教101
欢迎选课或旁听，课程号：本科01133037，研究生01108148
教材：《统计学习导论》中文版（京东），英文版

2020年秋季课件

2019年秋季课件

二、学习资源

https://github.com/YutingPKU
刘玉婷的GitHub主页，包括ChIP-seq/RNA-seq/Hi-C数据处理的脚本

三、学术报告

三维基因组与疾病

第七届三维基因组学研讨会（报告PDF）

中国生化分子学会2020年在线会议（报告PDF）

2020级生信医信本科专业讲座课（讲座回顾）

四、生信讨论班

讨论班介绍

面向生物信息和湿实验室同学，邀请了领域内相关实验室的报告人，介绍三维基因组学和单细胞基因组学的基本概念，实验和分析方法以及前沿进展。
相关报道
视频回放：https://space.bilibili.com/16813275/
联系人：王龙腾 (北京大学生科院李程研究组）邮箱：longtengwang@pku.edu.cn

2018年秋季讨论班内容

主题：单细胞与染色质基因组学的分析以及前沿进展（2018年9月-12月，有视频录播）
ppt下载：https://share.weiyun.com/5p7I1Nd
内容：

单细胞分析模块
1. 单细胞分析的生物学问题：The biology of single-cell genomics, 9月17日，主讲人：王龙腾（北京大学李程组）（没有回放视频）
2. scRNA-seq data visualization and clustering, 10月8日，主讲人：陈文昌邹子恒（清华大学张学工组）（回放视频地址：https://www.bilibili.com/video/BV1TW41117Qi）
3. 单细胞分析与细胞图谱绘制，10月15日，主讲人：石强（北京大学李程组）（回放视频地址：https://www.bilibili.com/video/BV1qt411Z7g1）
4. 单细胞分析与发育，10月29日，主讲人：李莉（北京大学汤富酬组）（回放视频地址：https://www.bilibili.com/video/BV1ib411A7Za）
5. 单细胞多组学，11月5日，主讲人：张倩（北京大学李程组）（回放视频地址：https://www.bilibili.com/video/BV1Gb411A76g）
染色质分析模块
1. 3D geonome and its disorganization in disease, 11月19日，主讲人：李瑞风（北京大学李程组）（回放视频地址：https://www.bilibili.com/video/BV1Ct41117xK）
2. ATAC-seq，分析流程与案例，11月26日，主讲人：孙林华（北京大学邓兴旺钱伟强组）（回放视频：https://www.bilibili.com/video/BV1Ct41197AF）
3. Introduction to Hi-C experiment and data analysis，12月3日，主讲人：李梦帆（北京大学李程组）(回放视频：https://www.bilibili.com/video/BV1ft411D7ht）
4. 基于成像的染色质分析，12月10日，主讲人：候英萍（北京大学孙育杰李程组）（回放视频：https://www.bilibili.com/video/BV1Yt411q7ft）
5. 染色质分析与多组学整合，12月17日，主讲人：刘玉婷（北京大学李程组）（回放视频：https://www.bilibili.com/video/BV1Kt411v7md）
6. 染色质分析中的新概念、新方法和新工具，12月24日，主讲人：贾璐萌（北京大学李程组）（回放视频：https://www.bilibili.com/video/BV1et411r7UK）

2018年暑期讨论班内容

主题：单细胞基因组学的实验与分析（2018.6-8月，没有视频录播）
PPT下载：https://share.weiyun.com/5CwUL9w
内容

An introduction to bulk and single-cell RNA-seq，6月25日，主讲人:徐子晗（北京大学李程组)
The advances in scRNA-seq techniques，7月2日，主讲人：李莉（北京大学汤富酬组）
Pre-processing and variation of scRNA-seq data，7月9日，主讲人：石强（北京大学李程组)，介绍了基本单细胞分析流程和常用工具，主要讲述了噪音的来源和校正方法。
scRNA-seq data analysis: Imputation, Cluster, and differential expression，7月16日，主讲人：李子逸（北京大学张泽民组），单细胞分析流程概述。
scRNA-seq data analysis: single cell trajectory，7月23日，主讲人：张倩（北京大学李程组），单细胞中的路径分析简介
From single-cell RNA-seq to transcription network：7月30日，主讲人：李响（北京大学谢晓亮组），主要讲述了WGCNA的应用。
定制单细胞扩增与泛组学测序，8月13日，主讲人：宋立阳（北京大学谢晓亮组），单细胞扩增技术的比较

参考资源：

单细胞分析
- 单细胞分析课程：https://scrnaseq-course.cog.sanger.ac.uk/website/index.html
- 单细胞分析软件汇总：https://github.com/seandavi/awesome-single-cell
- 单细胞在线数据库：https://cells.ucsc.edu/,https://singlecell.broadinstitute.org/single_cell
染色质分析
- 染色质与三维基因组分析课程：https://github.com/hms-dbmi/3d-genome-processing-tutorial, https://github.com/hms-dbmi/hic-data-analysis-bootcamp
- 染色质分析工具汇总：https://github.com/ningbioinfostruggling/awesome-HiC，https://github.com/mdozmorov/HiC_tools，https://www.4dnucleome.org/software.html
- 染色质分析在线数据库：https://www.encodeproject.org/,http://3div.kr/

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