肿瘤干细胞指数的两种生信研究套路

mRNAsi是一种描述肿瘤细胞与干细胞相似程度的指标，可以认为是CSCs的量化。干细胞具有自我更新以及治疗耐药性的特征，在癌症中发挥着重要作用。

目前研究肿瘤干细胞大多通过RNA计算的mRNAsi进行相似程度评估。

小编通过对19年和20年的文章进行研究，总体上说一共有两种相关的设计思路。

第一种：mRNAsi评分高低分型

代表文章：胱癌癌症干细胞（CSCs）的文章[Frontiers in Oncology；2019.7]

1. 在BLCA中mRNAsi的分子亚型以及临床特征

2. 筛选差异表达基因

由于正常mRNAsi与肿瘤有显著差异，作者进一步进行了差异表达分析。从分析中筛选出8,510个DEGs，其中5,422个上调，3,088个下调。（图1B）

3. WGCNA: 识别最显著的基因和模块

4. 模块的功能富集分析

5. 关键基因表达的分析与验证

图3

6. 因果关系以及蛋白质相互作用

7. 关键基因和上游基因存在共表达

第二种：mRNAsi相关的基因

代表文章：Prognostic Value of a StemnessIndex-Associated Signature inPrimary Lower-Grade Glioma[Frontiers in genetics；2020.5]

主要通过TCGA中已经公布的mRNAsi相关的基因直接跟差异基因取交集。然后包括差异分析、WGCNA、富集分析、风险模型、免疫评分，外部验证等。

1、整体分析流程图

2、WGCNA分析

3、功能富集分析

4、森林图预后分析

5、KM曲线和模型验证