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数据clean--2. 记录一次寻找rawdata的adapte

数据clean--2. 记录一次寻找rawdata的adapte

作者: MYS_bio_man | 来源:发表于2022-10-30 16:51 被阅读0次

书承上文《数据clean--1. Fastx-Toolkit使用》

问题：
1.不知道adapter是啥
2.不会找adapter

办法：
1.问公司
2.用fastp软件【自动检测adapter，其他替代软件也可以】

如果非要用某个软件（cutadapt去切割adatpter）怎么办

这个哥们儿讲了adapter是啥，提到了可以用fastqc跑出来的结果来找adapter，我自己试了一下，大概是这样的吧：

1. 先跑fastqc

$ /home/softwares/FastQC/fastqc -o ./  /myppath/*.fq.gz

2. 看report结果

如下图，我是聚焦于此，
黄色所示的碱基序列貌似【应该自信点】就是我需要的adapter，
【所有样本report中也都出现了它】
一系列reads也是要剔除的。
那么多A【ployA/T/N...】也是后续要过滤的步骤，我准备就这样整整，找篇文章的数据复现证实一下！
【to be continue】
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