R包的安装

CRAN：

install.packages()

Biocductor:

install.packages('BiocManager')
BiocManager::install("ggplot2")

Github:

install.packages('devtools')
devtools::install_github("jmzeng1314/biotrainee") #括号里写包名

注意

如报错：找不到函数，则加载函数所在的包，重试。
如报错：不存在叫xx名字的包，则安装xx包，重试。
library()是检查是否安装成功的标准

常见疑问

(1)大片提示信息
检查是否有error，没有就忽略

(2)packages not available
原因1：包名写错
原因2：安装命令使用错误
原因3：本机的R语言版本与包所要求的版本不符(极少)

(3)是否更新？
懒惰策略，能不更新就不更新，除非一直报错。
不想回答：安装命令加参数：update = F, ask = F
问是否更新的、“不存在”的是依赖包

(4)加载A包，报错B包不存在
它问是否更新的是依赖包 R包之间存在复杂的依赖关系 使用A包，就必须同时用B、C， 而C又依赖了D包 理论上: 安装A，就会自动安装BCD 加载A，就会自动加载BCD 实际上： 常会因为一两个依赖包的安装失败，导致你想安装的那个包安装失败。

(5)报错中有connection或url
切换镜像，检查网络连接。如果都没有问题，运行

options(download.file.method = 'libcurl')
options(url.method='libcurl')