Cell Ranger需要在高配置的集群上才可以运行。
将以下三个文件（解压后的Cell Ranger软件，测序数据，参考基因组）上传到服务器端。
屏幕截图 2024-09-05 092754.jpg
核心命令
export PATH=/work/home/acwnw4bl7y/cellranger-8.0.1/bin:$PATH
cellranger count --id=run_count_1kpbmcs \
--fastqs=/work/home/acwnw4bl7y/pbmc_1k_v3_fastqs \
--create-bam=true \
--localcores=64 \
--localmem=128 \
--sample=pbmc_1k_v3 \
--transcriptome=/work/home/acwnw4bl7y/refdata-gex-GRCh38-2024-A
以下是提交作业的界面。
image.png
运行结束后
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运行结束后，run_count_1kpbmcs文件下，多出以下结果。
image.png
filtered_feature_bc_matrix文件下就是Seurat分析需要输入的三个文件。
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