Defective interfering RNA对真菌病毒Partitivirus在寄主Rosellinia necatrix中的复制和诱导症状的影响
实验结论（接上一篇推送）【现学现卖】白纹羽病菌中的病毒与Defective interfering RNA（1）
2. RnPV2的系统进化分析
通过RnPV2与代表性partitiviruses，alphacryptoviruses和cryspovirus多比对构建ML phylogenetic tree。建树结果显示RnPV2的RdRp与其他partitiviruses，比如oyster mushroom isometric virusⅡ和Vicia faba partitivirus1在一个分支（图4）。
图4
神奇的是这个进化分支包含了真菌partitiviruses和植物病毒alphacryptovirus。典型的真菌partitiviruses形成两组，Ⅰ和Ⅱ，进化分析显示Ⅱ和侵染植物的一类病毒反而亲缘关系更近。
3. RnPV2转染非天然寄主C. parasitica突变体
在之前的研究中，真菌RNA沉默机制在DI-RNA产生中起到关键作用。这个实验在栗疫病菌▲dcl-2突变体（RNA沉默机制抑制）中转染病毒RnPV2，获得了两种转化子：C15和C16。
其中C15与W57菌株的电泳图类似，而C16电泳图中dsRNA1，2很多，但是没有DI-dsRNA1 （5-A）。
图5
之前研究结果认为partitiviruses的每个dsRNA片段都是单独包裹的粒子，鉴于这个理论，转染时C15获得了三种粒子，而C16只有两种（5-B）。
C16拥有不规则的菌落边缘，贫瘠的气生菌丝和孢子。C15与16相似，但是异常症状明显较轻。
4. C. parasitica中RNA沉默机制作用于partitivirus
实验用到无毒野生型EP155，用C15和C16菌丝融合接毒，用突变体▲dcl-2作为对照（6-A）。水平传播的结果用提取的dsRNA做电泳和Northern blot的检测（6-B）。
图6
结果（6-B，C）显示病毒在EP155中的积累水平比突变体低，不管有没有DI-RNA，在栗疫病菌中partitivirus受到RNA沉默的影响。值得注意的是图片中标记*的条带并不是DI-dsRNA，因为在Northern blot中没有印迹（后面图8的*也是这个条带）。
5. DI-dsRNA1干扰RnPV2的复制
在图6中，DI-dsRNA1的DI本质已经很明显了，上图中泳道5，6，7，12与2，3，4，9的对比。
6. 被DI（+）和DI（-）-RnPV2病毒侵染后C. parasitica的表型变化
图7
图中7-C观察色素沉着水平，结论是通过图7结合前面的结果表明RNA沉默机制或DI-dsRNA1存在导致的RnPV2积累水平的降低可能和寄主真菌表现症状更轻微有关。
7. 在天然寄主R. necatrix中，DI-dsRNA1的存在对RnPV2诱导症状和复制能力的影响
为了阐明DI片段对病毒复制的影响，作者尝试将C16中提取出来的没有DI的病毒粒子转入无毒的W57-T25菌株中，再通过电泳dsRNA样品确认转染结果。最终得到W57-T25-Tf18/19/22/29四株真菌做后续实验（图8）。
图8
讨论
文章是对partitivirus DI-RNA的首次报道，且尝试针对DI-RNA的影响展开研究。
之前关于DI-RNAs的研究表明，它们干扰helper virus的复制或增强寄主RNA沉默机制。
读后感：看这篇文章看得我好累啊。
实验是好的完整的，也大概了解了DI-RNA的本质证明的实验这些（最近想要看看DI-RNA方面的东西，因为我的实验材料里感觉有很多类似的条带）。
难读和写作水平有很大关系，很多地方都觉得描写的句子很复杂，而且内容也很啰嗦。
实验整体很常规，并没有什么让我惊喜的结论，方法或设计。几个空闲的傍晚和无数次的重新集中注意力，我终于看完了。
然后猛然发觉，我自己写的论文不就这样吗？实验设计很常规，写作语言不好，甚至结果的问题更多，还不如人家呢！难怪会让审稿人说。。。赶紧去修改去了。。。拜拜!
祝大家端午节快乐，一切顺意。
Chiba, S., Lin,Y.-H., Kondo, H., Kanematsu, S., and Suzuki, N. (2013) Effects of defectiveinterfering RNA on symptom induction by, and replication of, a novelpartitivirus from a phytopathogenic fungus, Rosellinia necatrix.
Journal of virology 87: 2330-2341.
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