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TCGA数据下载——用命令行下载

TCGA数据下载——用命令行下载

作者: 养猪场小老板 | 来源:发表于2020-02-17 23:07 被阅读0次

1、Data Transfer Tool准备

TCGA官网/GDC Apps/Data Transfer Tool/Getting Started/Data Transfer Tool page


Data Transfer Tool下载(1).png
Data Transfer Tool下载(2).png
Data Transfer Tool下载(3).png
Data Transfer Tool下载(4)解压缩前后.png

2、准备manifest文件

  • 以TCGA-CHOL RNA-Seq为例,下图所示

步骤 1):bing(GDC TCGA)
步骤 2):TCGA-CHOL

image.png manifest文件下载(1).png
manifest文件下载(2).png
manifest文件下载(3).png
manifest文件下载(4).png
manifest文件下载(5).png
manifest文件下载(6).png

插播:如果下载的RNAseq文件小于50m,可以直接点击12cart下载


manifest文件下载(7).png

注释:先需要知道上面的manifest文件放在哪个盘,这里是D盘。并且将下载好的并解压后的Data Transfer Tool(gdc-client.exe)和manifest文件放在同一个文件夹下。

3、打开命令提示符

1.png

1)打开DOS


1
  1. 切换到文件夹的盘,即D盘(D:+enter)
    2
    3)转到目的文件夹下面()
    3
    4)下载命令(gdc-client.exe download -m gdc_manifest_20200216_120520.txt)
    4
    5)开始下载
    5
    6)压缩包的形式
    6
    1、借鉴来源(文字和视频)
    2、借鉴来源

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