【qPCR计算工具】使用教程及程序更新

作者: 小折线 | 来源:发表于2020-08-11 16:26 被阅读0次

常常有读者朋友在后台问我，我的qPCR程序如何使用，程序能不能识别三个样本，四个基因，五个平行之类的

所以今天特地出一个教程，顺便给程序增加了一个贴心的小功能！

话不多说，我们开始咯！

01 数据格式

所有的数据分析，无论是计算还是作图，数据格式都是关键。合适的数据格式才能清楚、高效、准确的表达数据。

我相信，大家很多时候做qPCR的时候，表格格式是这样的：

但是，这样会面临非常大的问题，就是平行怎么放？

如果你一定要放，平行自然可以放进去，比如三个平行可以并排横着或者竖着放进 ...的位置。

但是，这样格式的数据，限制很大，比如

你可以很方便的求出平均值吗?

如果你使用公式计算，怎么兼容不同平行个数的情况?

如果你的样本有好几个水平的处理，又要怎么表示？

结果，许多同学的表格就成了这样：

为了表示用了4种质粒，每种质粒三种处理，每种处理要测三个基因，每个基因三个平行（图中的一个单元格...，实际是三个单元格，一组平行，我偷个懒）

image.png

不夸张的说，我见过太多这样的表了。除了看起来好理解一些，灵活性和表达能力上欠缺很多。

那要怎么才能清楚、高效，准确的表达数据呢？

其实很简单，标签化。

什么叫标签化，其实很简单，就是通过对每一个数值附加标签的方式来标注信息。

比如，我有一次实验，有2个样本，3个基因，4个平行，也就是我最后的Ct值有2x3x4 = 24个值，我们给这24个值贴标签，每个值有两个标签，分别是对应的样本和所检测的基因。如图：

image.png

注意，qPCR技术相对定量计算中，因为我们不区分平行，所以这里不标。

我再举个例子：（就那用上面的例子，四种质粒，三种处理，三个平行）

image.png

我们使用一列记录Ct值，一列记录基因，一列记录处理条件，还有一列记录质粒等。

大家可以看到，这种方法下数据由宽变长，所以这种数据格式也叫长数据格式，利用这个原理，可以对每个孔添加非常多列的信息。

那么，我说了那么多，他有哪些好处呢？

这样的数据格式支持无限维度的数据，不是只有样本和基因两个维度
这样的数据，利用Excel的pivot table可以几秒计算每个分组的均值，方差等
这样的数据在主流数据编程语言中做统计和作图都无比方便，有时这种格式是必须的（ggplot）
最最重要，绝大多数的qPCR机器，ABI或者Roche，导出的数据都是这种格式，这就意味着，在使用我的程序时，你导出数据后Ctrl C + V就完事了。