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ATAC下游分析所用工具

ATAC下游分析所用工具

作者: 想把生信学好的胡小慧 | 来源:发表于2020-08-05 21:37 被阅读0次

阅读文献Chromatin accessibility changes between Arabidopsis stem cells and mesophyll cells illuminate cell type-specific transcription factor networksATAC数据处理完之后下游所用工具

1.deeptools可视化画热图，所用子命令bamcoverage和comuterMatix

2.对THSs（超敏感位点）进行peakcalling：Homer，Findpeaks

3.THSs基因组的分布：PAVIS（在线网络工具）

4.对于富含特定细胞类型的TS，HTseq的htseq-count或Deseq2(p值<=0.05)

5.对转录因子的基序分析：RAST，DREME，MEME

6.将THSs分配给附近的基因：PeakAnnotator：TSS

7.蛋白相互作用分析：STRING

8.定义转录因子的预测结合位点：FIMO

9.基因本体分析：AgriGO，GO Analysis Toolkit

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