在线下载pdb文件：

先在NCBI子数据库structure检索所需要的蛋白结构，https://www.ncbi.nlm.nih.gov/structure/?term=
记录下该蛋白的PDB ID，然后打开PyMOL，命令行输入：

fetch 5ocn#foxn1
fetch 3uf0#
fetch 1si4#血红蛋白

5ocn和3uf0为PDB ID

1.png

去除水分子

remove solvent

分离得到蛋白

remove organic

2.png

参考自：
https://www.jianshu.com/p/ed3446ebd2e8
https://pymol.org/pymol-command-ref.html

切换目录

cd D:\demo

导入文件

load xxx.pdb

隐藏所有对象

hide

鼠标的几个操作用法：

A） 拖动鼠标左键：按住左键，任意方向拖动鼠标，使视图转动；

B） 上下拖动鼠标右键：按住右键，上下拖动鼠标，使视图缩放；

C） 拖动鼠标中间滚轮：按住滚轮，任意方向拖动鼠标，使视图移动；

D）滚动鼠标中间滚轮：拉进或拉远镜头，使近处原子逐渐显示或隐藏。

下载

纤维素外切酶CBHI和纤维素糖链的复合物晶体结构

fetch 7cel

螺旋飘带模型（α螺旋和β折叠），在PyMOL中叫cartoon模式

as cartoon

命令显示多种模式

show lines 
show sticks 
show ribbon

那么怎么用命令实现着色呢？比如整个蛋白显示绿色，命令是

color green

对α螺旋、β折叠和无规则卷曲着不同的颜色怎么实现呢？ 比如α螺旋（helix）显示红色，β折叠（sheet）显示绿色，无规则卷曲（loop）
显示蓝色，命令是

color red,ss h 
color green,ss s 
color blue,ss l+’’

ss h，ss s的意思了，其实就是选择二级结构α-helix或β-sheet，那么ss l+”” (这里单引号和双引号都行)为什么还要写 +”” 呢？ 因为二级结构的分类不仅仅只有这三种，PyMOL为了简化，就把不是α-helix和β-sheet的结构全部归为loop
和其他无规则结构了，所以这里得用 l+”” 表示。
文献上的结构图一般都是白色背景，怎么设置背景颜色呢？ 命令是

bg_color white

比如选择7cel中的一个催化残基212位的谷氨酸GLU，命令如下

select geng,resi 212

点击geng框后S按键中的sticks，212GLU残基就会显示出sticks模式，再点
击C按键中的oranges改为桔色，如下图。这一切也可用命令实现

show sticks,geng 
color orange,geng

点击geng小框L按键中的residues，这样就对212GLU加上了标签，L就是Label的意思。
突出显示

zoom geng

点击上图右下角的S按键，S指sequence，点击后会显示出蛋白序列。刚才选择残基是用命令实现的，也可以用鼠标左键在蛋白结构或蛋白序列上点击，点击中的残基就会被选中并起名为sele，然后使用A按键中的rename selection修改名称即可，你会发现被点中的残基都会显示出粉红色的小点
击上图右下角的S按键，S指sequence，点击后会显示出蛋白序列。刚才选择残基是用命令实现的，也可以用鼠标左键在蛋白结构或蛋白序列上点击，点击中的残基就会被选中并起名为sele，然后使用A按键中的rename selection修改名称即可，你会发现被点中的残基都会显示出粉红色的小点。 可是到目前为止，
所选择的最小单位都是残基，如果只想选择一个原子或者一条肽链，
怎么做？鼠标操作的话，首先要修改选择的单位，仔细看一下右下角是不是有 Selecting Residues，点击Resdiues，看看都有什么。如果想选择单个原子，那么点击到显示Atoms的时候停下来，如图 然后再在结构上点击某个原子，就选中它了。此时不能在序列上点击了，因为序列只有残基名没有原子名。 举一反三，你也可以选择一个分子、一条链、一个Cα原子等等
.3 布尔算符和标签命令
中学时学过布尔算符and/or/not，在PyMOL的选择命令中布尔算符非常有用。比如选择7cel中212GLU残基的Cα原子，怎么选？ select geng,resi 212 和select geng,name ca两个命令显然不行，因为它们分别对212
残基的所有原子以及蛋白的所有Cα原子进行了选择，而不只是212GLU的Cα原子。 可以这样做

select geng,resi 212 and name C

那么如何选择212和214号残基的所有原子呢？

select geng,resi 212 or resi 214

选择除200-400号残基外的所有残基

select geng,not resi 200-400  color white,geng 

显示一下被选中的残基
选择212和214号残基的非Cα原子

select geng,resi 212+214 and not name ca hide all 
show sticks,geng label geng,name

结构打光并保存图片

ray  
png 001  

打光命令ray就像在照相馆照相时需要专门的灯光设备，这里ray打光后，图像显示出景深和立体效果，更加逼真和精美。 保存图片命令非常简单，png后面加上你起的任意文件名即可，回车后图片自动保存在当前工作路径下，图片文件格式是png，看看后缀就清楚了。注意当前工作路径在哪里，还记得pwd目录。