Pymol核酸绘图

大家都知道chimera的核酸绘图功能非常强大，一般大家理解的pymol核酸绘图功能就显得薄弱了，但是今天在看pymol的cartoon的时候无意间看到了其核酸绘图，发现实际上其功能还是不错的。

默认设置

默认的一般有一个磷酸骨架和一个跨过核苷酸平面的枝棒，默认设置如下:

set cartoon_nucleic_acid_mode, 0 # 骨架随后的磷酸盐，实际上pymol默认设置为4
set cartoon_ladder_mode, 1 # 从骨架到核苷酸的枝条
set cartoon_ring_mode, 0 # 没有核酸环
set cartoon_ring_finder, 1 # 核糖和基本环 (因为ring mode 0，所以这里设置什么都不会展示)

我们以PDB265d为例

fetch 265d
remove resname HOH
remove resname MG

1.png

Cartoon 环模式（ring mode）

设置

set cartoon_ring_mode, value

值影响
0 枝条从骨架原子到嘌呤的N1或嘧啶的N3
1 简单的核糖平面和覆盖环键之间区域的基环
2 简单的核糖平面和覆盖环键内侧之间区域的基环（和模式1相比略小）
3 用棍棒包围核糖和基环的平面
4 在核糖中心和每个基环上的大直径环球体
5 大约为4的1/10的球体

例子

模式1：

2.png

模式3：

3.png

模式4：

4.png

Cartoon ring finder

设置

set cartoon_ring_finder, value

值影响
0 没有环或枝条加入
1 核糖和基础环
2 只有基础环
3 和模式1类似，轻微的透视
4 和模式1类似，核糖核苷酸和碱基，以及蛋白质的芳香侧链显示
5 只有枝条，无环

例子

模式0：

5.png

模式1：

6.png

模式2：

7.png

Cartoon梯子模式

设置

set cartoon_ladder_mode, value

值影响
0 没有枝条展示
1 枝条展示

例子

模式0：

8.png

模式1：

6.png

Cartoon核酸模式

设置

set cartoon_nucleic_acid_mode, value

值影响
0 光滑的骨架通过磷原子，骨架的两端均终止于磷末端
1 光滑的骨架通过核糖C3'原子，骨架的两端最后C3'终止
2 光滑的骨架通过磷原子，主链在5'末端终止于磷，在3'末端终止于O3'
3 和0模式相似？
4 和模式2相似？

例子

模式0：

6.png

模式1：

9.png

模式2：

10.png