偶然发现这个网站（https://speciationgenomics.github.io/filtering_vcfs/）
这上面还有群体分析以及关于作图的代码
偶然发现这个网站（https://speciationgenomics.github.io/filtering_vcfs/）
这上面还有群体分析以及关于作图的代码
偶然发现这个网站（https://speciationgenomics.github.io/filtering_v...
在获得SNP和INDEL后，需要对raw data进行质控，剔除假阳性的标记，GATK官方推荐的方法是VQSR，原...
对SNP的VCF文件质控筛选 1.vcfR简介 vcfR is a package intended to hel...
从获取下机数据做质控、比对，到calling snp获得vcf文件这一步，网上已经有非常详细的教程，有GATK4....
从获取下机数据做质控、比对，到calling snp获得vcf文件这一步，网上已经有非常详细的教程，有GATK4....
拿到 raw vcf 文件
快速注释已经得到的vcf文件 所需文件 ref.fa gff3文件或者gtf vcf文件 简单流程 1.建立一文件...
排序 从vcf文件排序开始，可以使用picard，也可以使用vcftools 的vcf-sort vcf转换为pe...
背景 突变软件call出突变之后，一般是VCF的格式，通常要把不同的病人的VCF文件整合成一个maf文件，其中ma...
群体遗传大部分的分析大部分基于VCF文件，所以得到一个高质量的VCF文件很有必要。在此记录一下从重测序的fastq...
本文标题：分享一个vcf文件质控的网站
本文链接：https://www.haomeiwen.com/subject/pyhdlltx.html
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