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celescope安装中的问题

celescope安装中的问题

作者: 熊猫人和熊猫猫 | 来源:发表于2021-12-30 17:36 被阅读0次

1. 运行pip install celescope指令时报错:

ModuleNotFoundError: No module named '_sysconfigdata_x86_64_conda_linux_gnu'

无法运行pip指令
引起报错的原因:
通常在同一个版本的python下会有两个相同的_sysconfigdata_x86_64_conda_cos6_linux_gnu.py文件和_sysconfigdata_x86_64_conda_linux_gnu.py文件(两者名称中只相差一个cos6)。而在某些程序的运行过程中会依赖于其中的一个,而我的报错是因为缺少了_sysconfigdata_x86_64_conda_linux_gnu.py。
解决方法:
(1)检索系统中是否存在有这两个文件
执行命令行:ls -l */python3.6/_sysconfigdata_x86_64_conda*
果然只有_sysconfigdata_x86_64_conda_cos6_linux_gnu.py
缺少_sysconfigdata_x86_64_conda_linux_gnu.py
(2)拷贝备份文件
因此直接copy一份我所缺少的_sysconfigdata_x86_64_conda_linux_gnu.py,问题直接解决了。

详细解决问题链接:http://www.manongjc.com/detail/26-aqjgscqvqwtvbtn.html

2. 运行pip install celescope指令时报错:

ModuleNotFoundError: No module named 'Cython'

pip install celescope报错

3. 运行pip install celescope指令时报错:

ReadTimeoutError: HTTPSConnectionPool(host='files.pythonhosted.org', port=443): Read timed out.

读取超时
引起报错的原因:
通常python解释器自带pip这个工具,其中默认源为官方源:https://pypi.org/simple,这个源在国内的下载速度是很慢的,所以为了提高python包的下载速度可以通过换源的方式来实现。

解决方法:
设置pip参数pip install celescope --default-timeout=100 -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple
(1)防止Read time out --default-timeout=100
(2)切换到“清华源”提高下载速度-i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple

详细解决问题链接:https://www.cnblogs.com/137point5/p/15000954.html

4. conda创建虚拟环境出错

报错页面:

报错页面截图
解决方法:(运行以下命令)
conda config --add channels conda-forge
conda config --set channel_priority strict
conda config --set channel_priority flexible
conda设置后的运行结果:
运行结果

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