celescope的下载和安装

celescope软件：https://github.com/singleron-RD/CeleScope
celescope测试数据：https://github.com/singleron-RD/celescope_test_data
celescope测试脚本：https://github.com/singleron-RD/celescope_test_script
倘若有伙伴对Linux的基础命令还不太了解，建议看一下这篇文章 Linux系统基本操作

celescope安装帮助文档 里面详细介绍了安装指导内容，这篇教程使用git下载celescope。如果服务器没有git，可以使用conda install git 命令，借助conda来安装git。

1. 下载celescope

下载只需要如下一条命令就可以：

git clone https://github.com/singleron-RD/CeleScope.git

git clone下载celescope

可以看到下载到的celescope文件夹结构如下：

celescope文件夹内容

通过 conda_pkgs.txt可以看到celescope运行所依赖的软件和对应版本

conda_pkgs.txt显示软件版本

2. 创建celescope依赖的软件环境

在CeleScope目录下运行如下代码：
conda create -n celescope -y --file conda_pkgs.txt
#1. 该代码会创建一个celescope的conda环境
#2. 该代码会自动配置celescope所依赖的软件

这一步用conda安装可能会久一点，需要耐心等待（这次我等了10min）可以尝试用mamba:
#1.下载安装mamba： conda install mamba or pip install mamba
#2. 自动配置celescope所依赖的软件：mamba create -n celescope -y --file conda_pkgs.txt

3. 安装celescope

运行如下代码：
conda activate celescope #切换celescope环境
pip install celescope --default-timeout=100 -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple #安装celescope
安装成功的尾部界面：

安装成功的尾部界面

注意: celescope安装中如果存在问题，点击它尝试解决👉celescope安装中的问题解决
倘若强制安装某一版本： pip install --force-reinstall celescope==1.7.1

4. 下载测试数据和脚本

下载测试数据的命令行：git clone https://github.com/singleron-RD/celescope_test_data.git（几秒内下载完成）

下载测试数据

下载测试脚本的命令行：git clone https://github.com/singleron-RD/celescope_test_script.git（几秒内下载完成）

下载测试脚本

postscript:
conda env list 查看已有环境
conda create -n abc 创建abc新环境
conda remove -n abc --all 删除abc环境