美文网首页
什么,听说3分钟入门Cython??

什么,听说3分钟入门Cython??

作者: kingboung | 来源:发表于2017-03-13 23:09 被阅读0次

    Python的代码优雅而实用,但是它的速度确实不怎样。Cython企图在保留Python美好的同时,兼顾代码的效率,这里先贴出Cython的两个官方文档,以方便大家对Cython更系统的学习:
    英文 http://docs.cython.org/en/latest/
    中文 https://moonlet.gitbooks.io/cython-document-zh_cn/content/ch1-basic_tutorial.html


    为什么最近会和Cython打上交道,说起来是因为我看了一篇名叫《Cython三分钟入门》的文章,毫无疑问文章写得很不错,但是标题起得实在不好,因为太标题党啦!


    跑通整个项目我花了大概两天时间,尽管代码量并不大。接下来我仍然会以文章中的例子来进行说明,结合这两天的经历,从三个环境出发:1. Windows环境;2. Linux环境;3. Cgywin环境,将我遇到的问题一并讲清楚,希望能帮助到和我有相同问题的同学。

    Cython的安装

    Cython是一个Python库,理所当然的安装手段就是

        -> pip intsall cython
    

    当然对于Cygwin用户,也能够进入Cygwin安装程序中下载Cython包,效果是一样的,步骤可以参考我的另一篇文章《Cygwin,让你拥有Windows下的Linux环境》。

    代码效率

    由于各主机的配置不一样,你测试出来的时间和我不一样很正常,但是这种性能的上升是必定和我一样的!

    Python版本

    下面是一段Python实现的代码,作用是计算沿地球表面两点之间的距离,是我们的version1。我们会让它调用50万次,并测定它所需的时间:

    # version1.py
    
    import math  
    
    def great_circle(lon1,lat1,lon2,lat2):  
        radius = 3956 #miles  
        x = math.pi/180.0  
    
        a = (90.0-lat1)*(x)  
        b = (90.0-lat2)*(x)  
        theta = (lon2-lon1)*(x)  
        c = math.acos((math.cos(a)*math.cos(b)) +  
                  (math.sin(a)*math.sin(b)*math.cos(theta)))  
        return radius*c  
    

    实现以下代码来调用version1::

    # efficiency.py
    
    import timeit
    
    lon1,lat1,lon2,lat2=-72.345,34.323,-61.823,54.826
    num=500000 #调用50万次
    
    t=timeit.Timer("v1.great_circle(%f,%f,%f,%f)"%(lon1,lat1,lon2,lat2),
                   "import version1 as v1")
    print('纯python版本用时:'+str(t.timeit(num))+'sec')
    

    好的,我的电脑花了大约3.3s,有点感人。当然我们的时间可能并不一样,但无一例外都不怎么快。

    Python+C版本

    一定程度上混搭Python和C数据类型,是我们的version2,但要注意,必须是.pyx文件,因为我们需要将其编译为Python拓展,这一步我会在后面仔细讲。我们同样会调用50万次,并测定它所需的时间:

    # version2.pyx
    
    import math
    
    def great_circle(float lon1,float lat1,float lon2,float lat2):
        cdef float radius=3956.0
        cdef float pi=3.14159265
        cdef float x=pi/180.0
        cdef float a,b,theta,c
    
        a=(90.0-lat1)*(x)
        b=(90.0-lat2)*(x)
        theta=(lon2-lon1)*(x)
        c=math.acos((math.cos(a)*math.cos(b) +
                math.sin(a)*math.sin(b)*math.cos(theta)))
        return c*radius  
    

    实现以下代码来调用version2:

    # efficiency.py
    
    import timeit
    
    lon1,lat1,lon2,lat2=-72.345,34.323,-61.823,54.826
    num=500000 #调用50万次
    
    t=timeit.Timer("v2.great_circle(%f,%f,%f,%f)"%(lon1,lat1,lon2,lat2),
                   "import version2 as v2")
    print('python+c版本用时:'+str(t.timeit(num))+'sec')
    

    我的电脑花了大约2.2s,与3.3s相比是不是快了不少。相信在你的电脑上也能够看到这么明显的变化。

    C版本(Python调用)

    我们大致分析一下,version2的瓶颈是在哪里!我们调用的是python的math模块,是不是这里大大地限制了性能?现在我们使用C标准库替代之:

    # version3.pyx
    
    cdef extern from "math.h":
        float cosf(float theta)
        float sinf(float theta)
        float acosf(float theta)
    
    def great_circle(float lon1,float lat1,float lon2,float lat2):
        cdef float radius=3956.0
        cdef float pi=3.14159265
        cdef float x=pi/180.0
        cdef float a,b,theta,c
    
        a=(90-lat1)/(x)
        b=(90-lat2)/(x)
        theta=(lon2-lon1)*(x)
        c=acosf((cosf(a)*cosf(b))+(sinf(a)*sinf(b)*cosf(theta)))
    
        return radius*c
    

    实现以下代码来调用version3:

    # efficiency.py
    
    import timeit
    
    lon1,lat1,lon2,lat2=-72.345,34.323,-61.823,54.826
    num=500000 #调用50万次
    
    t=timeit.Timer("v3.great_circle(%f,%f,%f,%f)"%(lon1,lat1,lon2,lat2),
                   "import version3 as v3")
    print('纯c版本(Python函数调用)用时:'+str(t.timeit(num))+'sec')
    

    0.6s,相当惊人!!这才是我们追求的速度不是吗?

    C版本(C调用)

    观察上面的代码,容易发现调用50万次这个是循环使用Python实现的。我们知道循环是一个相当耗时的操作,那么如果我们把这个循环放到C代码里,是否能更进一步地提升性能:

    # version4.pyx
    
    cdef extern from "math.h":
        float cosf(float theta)
        float sinf(float theta)
        float acosf(float theta)
    
    cdef float _great_circle(float lon1,float lat1,float lon2,float lat2):
        cdef float radius=3956.0
        cdef float pi=3.14159265
        cdef float x=pi/180.0
        cdef float a,b,theta,c
    
        a=(90-lat1)*(x)
        b=(90-lat2)*(x)
        theta=(lon2-lon1)*(x)
        c=acosf((cosf(a)*cosf(b))+(sinf(a)*sinf(b)*cosf(theta)))
    
        return radius*c
    
    def great_circle(float lon1,float lat1,float lon2,float lat2,int num):
        cdef int i
        cdef float x
        for i from 0<=i<num:
            x=_great_circle(lon1,lat1,lon2,lat2)
        return x
    

    实现以下代码来调用version4:

    # efficiency.py
    
    import timeit
    
    lon1,lat1,lon2,lat2=-72.345,34.323,-61.823,54.826
    
    t=timeit.Timer("v4.great_circle(%f,%f,%f,%f,%i)"%(lon1,lat1,lon2,lat2,num),
               "import version4 as v4")
    print('纯c版本(C函数调用)用时:'+str(t.timeit(1))+'sec')
    

    惊喜地发现,我们把性能提升到了0.12s,速度提高了将近30倍,very amazing。

    C代码实现

    究竟Cython中最快的版本version4和C实现的代码,在性能上相比会有多大的差距?我这里准备了一段C代码:

    #include <math.h>
    #include <stdio.h>
    #include <time.h>
    #define NUM 500000
    
    //version5.c
    
    float great_circle(float lon1,float lat1,float lon2,float lat2){
        float radius=3956.0;
        float pi=3.14159265;
        float x=pi/180.0;
        float a,b,theta,c;
    
        a=(90.0-lat1)*(x);
        b=(90.0-lat2)*(x);
        theta=(lon2-lon1)*(x);
        c=acos((cos(a)*cos(b))+(sin(a)*sin(b)*cos(theta)));
        return radius*c;
    }
    
    int main(){
        int i;
        float x;
        clock_t start, finish;
        double Total_time;
        start = clock();
        for(i=0;i<=NUM;i++)
            x=great_circle(-72.345,34.323,-61.823,54.826);
        finish = clock();
        Total_time = (double)(finish-start) / CLOCKS_PER_SEC;
        printf("%f sec",Total_time);
        printf("\n");
        printf("%f",x);
    }
    

    当然,如果你有C语言的集成环境,直接运行就能可以得到结果!我们知道Linux系统的gcc组件能够编译C代码,为了方便,我们直接在Linux系统下编译运行,这里我提供两种方式:

    方式一:
    ->Linux环境下:gcc -lm -octest version5.c
       当前路径生成ctest.exe
    ->time ./ctest
       测试该模块运行所需时间

    对于使用Cygwin来完成这条命令的用户,可能会遇到下面的麻烦,博主也遇到了
    <center><font color="red">错误:</font>pyconfig.h No such file or directory</center>
    通过网上查阅相关资料,发现这是由于某些组件的缺失造成的,它们可能是下面这些组件:

    1. python-devel(对应python2.x)/python3-devel(对应python3.x)
    2. libxml2-dev
    3. libxslt-dev
      一般来说,主要是python-devel的原因。总之,看情况吧。

    方式二:
    ->Linux环境下:gcc -o version5 version5.c
       当前路径生成version5.exe
    ->./version5
       测试该模块运行所需时间



    可能由于测试的方式不同,这里用时反而还要长那么一点。但总的来说,Cython能够有效地改善性能。当然,大多数情况下,Python的性能是足够好的,一旦循环、数字运算和Python函数调用上去了,性能就会相应地下降,在这种情况下,我建议你们使用Cython进行优化。



    Cython编译

    我们之前安装的Cython就是用在这里的。

    • 对于Windows系统,编译以下代码能够得到:.pyx->.pyd
    • 对于Linux系统,编译一下代码能够得到:.pyx->.c->.o->.dll


      这是对应的,因为Windows系统能够使用的Python拓展是.pyd文件,而Linux系统能够使用的Python拓展是.o或.dll文件。但是我们完全不用担心,你的系统总是有选择地去做适合它自己的事情,我们只需要顺水推舟。
    #setup.py
    
    # Run as:
    #    python setup.py build   编译
    #    python setup.py install 安装(效果同pip install xxx)
    
    from distutils.core import setup
    from Cython.Build import cythonize
    
    #cythonize:编译源代码为C或C++,返回一个distutils Extension对象列表
    setup(ext_modules=cythonize('XXXXX.pyx'))
    

    我们在前文提到的.pyx文件并不能直接作为Python拓展,我们需要编写setup.py来帮助我们获得Python拓展。在'XXXXX.pyx'中填入.pyx文件的路径,然后我们在shell环境下(setup.py的目录下)执行以下命令:
    python setup.py build
    一般来说,我们能在当前目录下看到一个名为build的文件夹,我们需要的Python拓展就在里面!注意执行该命令的python版本要对应。

    执行以下命令:
    python setup.py install
    安装该模块到site-package文件夹下。

    Cython编译中的问题

    我之所以无法像文章所说的那样三分钟入门,就是因为这些乱七八糟的问题,这里我汇总一下我自己遇到的问题,希望后来的人不要像我一样走弯路。原生Linux环境问题不大,会出现问题主要就是Windows系统和Cygwin这种伪Linux环境,我就从这两个环境出发:

    Windows

    Unable to find vcvarsall.bat####

    这时候的我们,一般直接就把这个错误贴到百度或者google上,那么我们会看到一堆关于Windows下Cython安装的教程。
    注意,不要按网上说的,安装MinGW,然后在"..python安装路径...\Lib\distutils"下新建一个distutils.cfg文件,在这文件里面制订编译器为mingw32
    如:
    [build]
    compiler=mingw32
    一方面,我的电脑上已经安装了Cygwin,为什么非得另外安装一个MinGW,另一方面MinGW编译出来的东西,安装上了也有不好使的时候,甚至会无法编译;即使编译通过,安装上了,你安装的Python标准库不是由mingw编译的,你的拓展包却是mingw编译的,很难说能够完全兼容或者质量跟得上。(引用自参考文献2)
    但是参考文献2中提到的方法却不是很管用,可能不是很适合我的情况吧。那么要如何解决这个问题?这主要是因为涉及到了比较底层的问题,由于底层上对python支持的不足造成的。参考文献3提出的方法完美地解决了我的问题:
    打开Visual Studio的安装程序进入到下面的界面,选择下面这些组件安装。


    等待安装完成,再次执行命令发现能够成功编译!大成功~~
    Cygwin

    打开Cygwin,执行以下命令
    python setup.py build
    黑色的界面上弹出刺眼的红色,提示你出错了

    致命错误:Python.h:没有那个文件或目录####

    其实说白了,Cygwin下报错,大多数情况就是想告诉你,你丫的有哪些哪些组件没下载呀呀!!
    是的,只要我们安装python-devel(python2.x)/python3-devel(python3.x),便发现问题迎刃而解啦!




    这几天收获很大,巨开心!




    项目链接: https://github.com/kingboung/Miniproject/tree/master/Cython_accidence

    转载请告知!!博主个人网站:http://www.kingboung.me
    文章有不完善的地方,请留言告知!谢谢我的朋友们。
    参考文献:


    《Cython三分钟入门》        赖勇浩 译
    《彻底解决 error: Unable to find vcvarsall.bat》        天才白痴书馆
        知乎之提问        知乎用户 答

    相关文章

      网友评论

          本文标题:什么,听说3分钟入门Cython??

          本文链接:https://www.haomeiwen.com/subject/pzmqnttx.html