conda下载

wget 下载链接
eg. wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

conda安装

bash 软件名
eg. bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

conda激活

直接source ~/.bashrc
命令行输入conda，出现满屏的信息说明成功了

添加镜像

所谓镜像网站，相当于主网站的副本，conda在国外，我们在国内下载软件速度会很慢，因此配置镜像，从镜像网站下载，可以加快下载速度。

# 使用清华镜像
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes

------------------------以上为准备工作------------------------

查看当前服务器上安装的所有软件列表

conda list

搜索conda软件

conda search fastqc

安装软件

conda install fastqc -y or 直接安装具体版本conda install fastqc=0.11.7 -y

卸载软件

conda remove fastqc -y
-----------------------------分割线-----------------------------

先查看当前conda有哪些环境

conda info --envs

建立一个名叫rnaseq的conda环境，然后指定python版本是3，安装软件fastqc、trimmomatic一步完成

conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y

激活新的conda环境

conda activate rna-seq

退出当前环境

conda deactivate