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一些tips(可能会持续更新)

一些tips(可能会持续更新)

作者: 没有猫但是有猫饼 | 来源:发表于2020-05-27 13:46 被阅读0次
    一:合并文件

    目的是:合并两个文件
    解决方法:用merge合并两个文件,通过相同的列名Gene_Symbol

    file1 <- read.csv("你的路径/.csv")
    file2 <- read.csv("你的路径/.csv")
    newfile <- merge(file1, file2, by = c("Gene_Symbol"))
    

    生成的文件会在原本的列名后加上.x.y区分原来属于哪个文件
    .x表示file1.y表示file2


    二:file1只有一列Gene_Symbolfile2中有Gene_SymbolGene_name两列

    目的是:想从file2中检索到相应的Gene_name,并填在file1对应的Gene_Symbol后面
    解决方法:hash()

    library(hash)
    h <- hash()
    #构建键值对
    .set(h, keys = file2$Gene_Symbol, values = file2$Gene_Name)
    
    genename <- file2[,2]
    file1[,2] <- values(h, genename)
    
    

    三:计算两个文件中相同列名的行

    解决方法:intersect()

    both <- intersect(file1$相同列名, file2$相同列名)
    length(both)
    

    四:提取两个文件中具有相同值的一整行,或一整行中的某几列

    目的是:现有一个文件file,内有几行内容,file1含有其中某些相同值,想要提取出file中含有file1内容的对应行

    file
    file1
    解决方法:%in%
    output <- file[file$V1 %in% file1, ]
    
    output
    这里用到了TRUEFALSE来判断要不要输出这一行 这里表明判断file哪几行在file1中
    💥需要注意的是:把被查找的文件写在%in%之前,才会是这样的结果,否则只会显示小文件中的很少的行数,如下面这个例子:
    file1 %in% file$V1
    

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