1.制作保留区间bed文件
2.利用bedtools根据bed文件提取落在区间内的SNPs。
bedtools intersect -a myfile.vcf.gz -b mutil-region.bed -header > output.vcf
其他资料也提供了一些其他提取方法（没仔细研究）：
https://www.cnblogs.com/miyuanbiotech/p/14530891.html
1.制作保留区间bed文件
2.利用bedtools根据bed文件提取落在区间内的SNPs。
bedtools intersect -a myfile.vcf.gz -b mutil-region.bed -header > output.vcf
其他资料也提供了一些其他提取方法（没仔细研究）：
https://www.cnblogs.com/miyuanbiotech/p/14530891.html
根据id提取vcf（提取重测序数据不会有日志等啰嗦行） 根据染色体提取vcf 根据位置提取vcf（pos文件含染色...
第4章 过滤数据 4.1 WHERE 子句 根据需要提取表数据的子集，需要指定搜索条件（search criter...
提取染色体片段 提取文件中的某几列 根据位置提取vcf文件对应位点的信息 提取某一列数值满足条件的列 提取某些样本...
一、表格问题 在上一篇文章介绍了【MATCH函数】，它能提取指定查找内容所在的位置。 那么如果想根据位置信息，提取...
提取R对象的子集 R中有很多操作可以提取R对象的子集。 [ 操作返回跟原R对象类相同的对象；可以同时提取多个对象（...
将多个Word文档中指定位置的值批量提取到Excel表格中，方便查看。 Word精灵的当前功能适用于要提取的目标都...
Vector以及从向量中提取元素 元素：可以是数字或chr标量：一个元素向量：多个元素元素提取：可以根据其位置或者...
一、标量和向量 向量含有多个元素 二、从向量中提取元素 根据元素位置 如x[1:3], x[-2] 根据值x[x>...
续WES(全外显子)分析(中) 1. raw vcf filter 1.1 vcf snp过滤 1.2 vcf i...
测序得到VCF文件后，有时需要提取部分SNP位点，这里介绍的工具是VCFtools，安装以及基础功能见下贴：vcf...
本文标题：2023-07-05 根据多个指定位置提取vcf子集（实现过滤点
本文链接：https://www.haomeiwen.com/subject/qdkhudtx.html
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