测序得到VCF文件后，有时需要提取部分SNP位点，这里介绍的工具是VCFtools，安装以及基础功能见下贴：
vcftools安装及基础用法 - 简书 (jianshu.com)
首先将需要提取的SNP位点的ID整理在一个文本文件中，一个ID一行。这里要注意ID和vcf文件中的ID要一致，Chr_1；chr_1还是只有数字编号1：
$ cd /your/path/vcftools
$ vim snp.id
Chr1__272173254
Chr10__132755179
Chr11__187947859
Chr12__233234905
Chr14__135335406
$ vcftools --vcf root.id.vcf --snps snp.id --recode --out sig.snp
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本文标题：vcf文件提取SNP位点
本文链接：https://www.haomeiwen.com/subject/nsortdtx.html
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