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安装shiny和Rstudio

安装shiny和Rstudio

作者: Forest_Lee | 来源:发表于2020-07-17 23:44 被阅读0次
    #sudo su - \
    #-c "R -e \"install.packages('shiny', repos='https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/')\""
    ### 由于我的服务器在新加坡,所以不需要更改镜像。何况就算是清华的镜像也经常会崩掉。
    sudo apt-get install gdebi-core   ##安装gdebi
    wget https://download3.rstudio.org/ubuntu-14.04/x86_64/shiny-server-1.5.9.923-amd64.deb
    sudo gdebi shiny-server-1.5.9.923-amd64.deb ###下载安装shiny-server
    
    wget  https://download2.rstudio.org/server/trusty/amd64/rstudio-server-1.2.1335-amd64.deb
    sudo gdebi  rstudio-server-1.2.1335-amd64.deb   ###下载安装rstudio-server
    

    在网页输入 ip:3838 对应shiny端口


    image.png

    在网页输入 ip:8787 对应Rstudio端口


    image.png

    但是我当时安装后是打不开的
    解决过程
    1.到华为云服务器在三组安全组中入方向规则和出方向规则均添加 8787和3838的端口
    没有解决
    2.求助客服
    客服首先建议我添加安全组端口 然后找我确认防火墙状态

    sudo ufw status
    
    image.png

    防火墙是关闭的
    后来的建议就是找我查看软件的问题 这个相对具体 我也没法继续追问下去
    3.求助群里小伙伴
    得到两位的指点 以下引用洲更师兄的话

    /usr/bin/python -m SimpleHTTPServer 8787
    

    先用python的简易版服务器测试下,这个端口有没有被占用

    image.png
    然后打开你的浏览器,访问IP:8787
    如果能够打开一个网页,说明这个IP地址的这个端口就是能从外部访问的
    那么你就可以去排查你的Rstudio问题了
    找客服吧,说不定就是华为云的安全设置了
    端口或者软件,还是没搞清楚
    4.求助晓晶
    由于晓晶也没有用过shiny和Rstudio两款软件,无法具体给出指导
    image.png
    晓晶根据提示怀疑端口被占用
    https://www.cnblogs.com/fengff/p/8985129.html
    https://www.cnblogs.com/jiangfeilong/p/11141072.html
    给了两个网址查看端口占用情况

    image.png
    image.png
    可以看到3838端口是正常在shiny serve的
    而8787端口是python在使用 我没搞懂...但不是Rstudio的状态

    然后继续谷歌
    有个文章讲到 Rstudio是默认从某某位置查看R的安装情况的 如果R没在规定的位置安装 或者版本不够 那么Rstudio就检测不到 没有骨架 衣服也穿不上啊
    然后我就怀疑是不是自己的R安装有问题
    /usr/bin/R 下面是3.4 的版本
    然鹅R 下面是3.6的版本 (该版本是scRNA小环境下使用conda安装)
    两个不同的版本 Rstudio默认检查第一个位置的R版本 所以不能正确安装

    我又回想起 健明云服务器配置的视频 说是需要先删除其他R版本 安装新版本
    由于我知道可以用conda安装 就自己装了 没管其他的

    那么就找到问题所在了

    # 首先删除系统自带旧版本的R
    sudo apt-get --purge remove r-base  r-base-core r-base-dev
    
    #然后更新Ubuntu源文件
    ## 这里,不同Ubuntu系统有点不一样:
    cat /etc/issue
    # 18.04
    # 使用VIM添加下面代码到/etc/apt/sources.list文件
    # deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu bionic-cran35/
    sudo apt-key adv --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-keys E084DAB9
    sudo apt-get update
    sudo apt-get install -y  r-base r-base-core  r-base-dev
    

    因为Ubuntu源文件默认自带旧版本R
    所以需要更新源文件
    值得一提的是 在我更新的时候 可能由于vim /etc/apt/sources.list的操作不当 源文件更新失败 sudo apt-get install -y r-base r-base-core r-base-dev安装的R依旧是旧版本的R(又绕了好几圈才发现) Rstudio依旧无法正常使用
    由于期间多次怀疑我操作失误 我删除并重新操作安装了好几遍
    后来不知道怎么改了 就索性买了台新的服务器

    新服务器更新源文件依旧失败 后来Google解决了问题 可能是健明提供的代码不适配
    由于期间打开了数十个谷歌网页 就索性一起关了 因为我相信下次还能找到

    最后终于是成功在网页打开了rstudio


    image.png

    虽然目前安装r 包等过程仍然出了问题 好在一直有进步 且不停解决问题中。

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