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学习小组Day4笔记--五颗糖

学习小组Day4笔记--五颗糖

作者: 想要转行的小张 | 来源:发表于2020-03-13 00:05 被阅读0次

    1.写在前面的话

    我对于R语言的学习,大概起步于三四年前,科研上的画图确实离不开R,画图很好看,特别在统计分析那一块,R语言的优势是很大的,一些R包的使用也非常方便快捷,但长时间不用还是会生疏,很多东西都忘光了。今天像当初学习的那样,重温一下R语言的入门吧

    2. R语言的安装

    R在电脑上操作可以使用两个平台:一个是R 一个是RStudio,都可以在相应的官网上找到。对于RStudio,之前也没具体学习过,下面也是基于RStudio记得学习笔记。

    1. 先下载,这个官网上有,不多说。注意一下,电脑用户名必须是英文的。
    2. 安装完了后打开,RStudio还是相当友好的,分为四个区域。
      左上:编辑你的代码的 右上:可以看你的变量和对象的,还可以看历史命令
      左下:控制台,查看程序运行的情况 右下:可以查看一些包的帮助命令,不用像R一样,需要另外用help命令查看。
    3. 设置工作路径,这个就是RStudio工作时,数据呀,输出图片存放的位置(具体可以查看生信星球)。

    3.画个热图瞧一瞧(以pheatmap包为例)。

    install.packages("pheatmap") #加载pheatmap包
    install.packages("RColorBrewer")#调个颜色 
    library(pheatmap) #library这个包
    library(RColorBrewer) #library这个包
    test<-read.table(choose.files(),head=T,row.names=1) #读取数据
    pheatmap(test,color=brewer.pal(9,"YlOrRd"),cluster_rows =  FALSE,cluster_cols =  FALSE)#画图
    

    如下(这个实验的数据看起来不太和谐,哎,有点累):

    4.png

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