花姐带着她的外甥阿明回到乡下，加上阿时和她的女儿小敏，门口是大片的菜地，他们还养了一群鸡和两只羊，取名咩咩和小白，每天都在烈日下汗流浃背地干农活，除草种菜，用柴锅煮饭，自给自足，生活美好而充实。
因老鼠横行，家里有不少东西都被咬坏了，他们决定养一只猫，朋友诗织送来一只小奶猫，嘱咐：如果想让它抓老鼠，就不要抱它，但小可爱的魅力无人能敌，花姐趁阿时出门买东西，偷偷抱了，还给他取名”汤姆“，后来每个人都沦陷了。
日子就这样慢慢地流走，花姐的编辑井口小姐突然造访，开始表现极大的羡慕，当她看到花姐和阿时打扫羊圈，理想瞬间破灭，听到房子里有老鼠马上借口有事，连午饭都没用完就走了，井口小姐的反应非常真实了。
花姐说：这段时间越发觉得这片土地真是了不起，播下种子就会孕育出新的生命，整日被大都市的混凝土包围着，在那里生活的我们，理所当然地认为会在那生活直至生命终结。
阿时说：跟土地打交道也不是容易的事。
花姐说：我原本一心以为不去做辛苦又麻烦的事才会心情舒畅，说实话，这大概反而让自己更痛苦了吧，不管怎样，活着本身就是既充满趣味又辛苦的事吧。
阿明抱怨跟花姐自己没抓住机会，人生已经完了，花姐说：“没什么事是一下子就能顺利的，种地也会有很多的失败，不是什么事都能顺遂的，不过这样也很有趣不是吗？如果你只关注眼前的事，反而什么都看不见，如果把眼光放长远，有时却能看到眼前的事，发发呆也可以”。
咩咩和小白走丢了，阿明去找它们的时候被骂了一顿，回来后就就把自己关在房间，他说不想继续照顾咩咩和小白了，花姐安慰他说：人啊，即使学习成绩不好也没关系，早早地丢了工作也没关系，但是，对于自己想做的事，必须要做到最后，若是半途而废的话，不会觉得无聊吗？
清风徐来，轻柔的音乐响起，花姐在漫天星空之下想起年轻时候读过的书：有自由，有书，有花，有月亮，有人会因为这些的存在而感到幸福吗？还有啊，乐观者看到的事甜甜圈本身，悲观者看到的是甜甜圈上的洞。
电影就此结束。
《山中的汤姆先生》只有几个人，一间房，一片菜田，一只猫，还有两只羊，没有远方，只有当下。花姐他们每天吃的菜基本都是自己种的，从播种，除草，灭虫，餐桌上的每一片菜叶都是辛勤劳作的结果，所以每个人都很珍惜食物。
当我们从要花很长的时间期待，很困难地得到一样东西，变成很快速，很容易就能得到，于是便有了后来的不珍惜。李娟曾经写过：生活本来就够局促了，如果再潦草应付，那就是“破罐破摔”，再窘迫的生命也需要“尊严”这个东西，而尊严需要从最小的细节上去呵护。
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