BAM->SAM
samtools view -h -o out.sam out.bam
SAM->BAM
samtools view -bS out.sam >out.bam
如果没有@SQ
samtools faidx ref.fa
samtools view -bt ref.fa.fai out.sam > out.bam
BAM->SAM
samtools view -h -o out.sam out.bam
SAM->BAM
samtools view -bS out.sam >out.bam
如果没有@SQ
samtools faidx ref.fa
samtools view -bt ref.fa.fai out.sam > out.bam
BAM->SAMsamtools view -h -o out.sam out.bam SAM->BAMsamto...
比对结果bam/sam/cram如何转换？ samtools bam/sam/cram格式转换[https://b...
在做BWA比对到参考基因组后，得到sam文件，在进行sam转bam时候遇到一个报错： [W::sam_read1]...
常用samtools的命令： samtools view命令：查看sam，bam文件，进行sam及bam文件的转换...
使用工具 fastp(质控), hisat2(比对), samtools(sam文件转bam文件), featur...
Bam (Binary Alignment/Map) bam文件是Sam 文件的二进制压缩格式，保留了与sam 完...
what is bam bam（或者是sam，cram）文件，是比对后拿到的文件，sam文件是纯文本，非常占用存储...
bam2sam -h: include header in SAM output-O: Specify outpu...
1.SAM文件 SAM全称：sequence alignment/map format。BAM是SAM的二进制文件...
sam和bam格式文件的shell小练习 原文链接 首先使用bowtie2软件自带的测试数据生成sam/bam文件...
本文标题：bam转sam
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