ChromHMM使用方法

ChromHMM教程
ChIPseq教程
从这个网站下载数据，放在Bed_input文件夹里面。同时按照上述教程制作与下载的bed文件同样名字的cellmarkfile.txt文件。
我的代码如下，使用是服务器sbatch命令递交
运行时参照官方网站数据进行调整

#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=ChromHMM
#SBATCH --time=1:00:00
#SBATCH --cpus-per-task=10
#SBATCH --mem=10g
ml ChromHMM/1.19
java -jar $CHROMHMM_JAR BinarizeBed \
    -center \
    /usr/local/apps/ChromHMM/1.19/CHROMSIZES/hg38.txt \
    Bed_input \
    cellmarkfile.txt \
    Binarized_input

java -jar $CHROMHMM_JAR LearnModel \
    -p 0 \
    Binarized_input/ \
    Model/ \
    6 \ #根据input files数据决定
    Hg38