MetaStat原理

一直不清楚MetaStat的脚本输入到底应该是Read数还是相对丰度，大概过了一下R语言版本的MetaStat代码的脚本，留此记录。

代码解析

R语言版本的MetaStat被封装到了一个R函数内部，针对不同的数据输入，MetaStat会采用不同的处理策略

两个比较组都是单样本无重复

此时MetatStat使用Fisher精确检验或卡方检验（每个样本内tag或reads数都大于20）
涉及到Fisher或卡方检验的输入都是列联表，肯定都是整数因此理想的输入的表格内都应该是整数

有重复

MetaStat对于有重复的样本（或者说是上述情况以外）的比较组的统计分为两步

1. 对于输入的每一行，都会通过T检验计算其t统计量（这里使用的是每个样本的相对丰度），然后通过t统计量利用置换检验算出p值
2. 重新遍历每一行，对于在两个比较组内平均tag数小于1的行，重新利用Fisher精确检验计算p值替换前一步得到的该物种的p值

感想

R代码内各种for循环~ 效率真是不高~
有空看一下置换检验，这里置换检验也是限制代码执行时间的坑~
好像mothur里面有C++的版本，有时间试一下