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WGCNA分析,模块只显示3个,什么原因呢?

WGCNA分析,模块只显示3个,什么原因呢?

作者: dalishi | 来源:发表于2018-05-08 12:25 被阅读0次

做WGCNA分析时,得到的模块有29个,但是图show出来只有几个,我把部分代码和图贴在了下面,请问各位大神这是怎么回事呢?

>net = blockwiseModules(dataExpr, power = 5, maxBlockSize = 6000, TOMType = "unsigned", minModuleSize = 30,reassignThreshold = 0, mergeCutHeight = 0.25,numericLabels = TRUE, pamRespectsDendro = FALSE,saveTOMs = TRUE,saveTOMFileBase = "femaleMouseTOM", verbose = 3)

>table(net$colors)

>mergedColors = labels2colors(net$colors)

>table(mergedColors) plotDendroAndColors(net$dendrograms[[1]], moduleColors[net$blockGenes[[1]]], "Module colors", dendroLabels = FALSE, hang = 0.03, addGuide = TRUE, guideHang = 0.05)

> MEs = net$MEs

>MEs_col = MEs

>colnames(MEs_col) = paste0("ME", labels2colors( as.numeric(str_replace_all(colnames(MEs),"ME","")))) MEs_col = orderMEs(MEs_col)

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