一、deeptools plotCorrelation详细介绍

官网说明书——deeptools plotCorrlation

功能：基于multiBamSummary或multiBigwigSummary输出的结果，样本相关性分析和可视化工具。Pearson或Spearman方法可用来计算相关系数。结果可以保存为多个散点图，描绘成对的相关性或聚类热图，其中颜色表示相关系数和集群是使用完全链接构建。还可以选择将这些值保存为表。

二、deeptools   plotCorrelation 参数

参数

1、--corData, -in ： 由multiBigwigSummary或multiBamSummary生成的值压缩矩阵。

2、--corMethod, -c： 计算相关性方法。选项有spearman, pearson, Correlation method。

3、--whatToPlot, -p： 图类型。选项有:heatmap, scatterplot。

4、--plotFile, -o： 保存热图的文件。文件扩展名决定了格式，如heatmap. PDF将以PDF格式保存热图。可用的格式是:.png， .eps， .pdf和.svg。

5、--skipZeros： 排除所有样本中有零或缺失(nan)值的基因组区域。

6、--labels, -l: 用户定义的标签，而不是文件名称中的默认标签。多个标签必须用空格分隔，例如-labels sample1 sample2 sample3。

7、--plotTitle, -T: 图标题。(默认值: )

8、--plotFileFormat：图片格式类型。可用的选项有:png、eps、pdf和svg。

9、--removeOutliers： 去除离群值。

10、--version： 显示程序的版本号并退出。

11、--outFileCorMatrix： 保存矩阵与成对相关的值到一个制表符分隔的文件。

12、--plotHeight： 图高 (cm)。(默认值:9.5)

13、--plotWidth： 图宽。最小值为1cm。(默认值:11)

14、--zMin, -min： 热图强度的最小值。如果未指定，则自动设置该值。

15、--zMax, -max：热图强度的最大值。如果未指定，则自动设置该值。

16、--colorMap： 用于热图的颜色地图。colormap

17、--plotNumbers：如果设置，则相关数绘制在热图的顶部。此选项仅在绘制热图时有效。

18、--xRange： X轴范围。默认的缩放会显示所有点的范围。

19、--yRange：Y轴范围。默认的缩放会显示所有点的范围。

20、--log1p：在加1后绘制散点图的自然对数。注意，这仅用于绘图，相关性不受影响。

三、deeptools multiBamSummary实际操作

plotCorrelation -in x.npz --skipZeros --corMethod pearson --whatToPlot heatmap --colorMap RdYlBu_r --plotNumbers -o x.pdf --outFileCorMatrix x.tab

plotCorrelation -in x.npz --corMethod pearson --plotTitle "x" --whatToPlot scatterplot -o x.pdf --outFileCorMatrix x.tab