scRNA-seq: 对于高表达两种或以上细胞类型marker细

作者: LET149 | 来源:发表于2023-07-03 09:46 被阅读0次

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有些cluster会高表达两种或以上细胞类型的marker，造成很难对这个cluster进行CellTyping的情况发生，这时应采取一些方法解决这些问题

1. 通过去除Doublet软件去除

这种表达多种细胞类型marker的细胞，很可能是Doublet，可以尝试使用一些软件去除Doublet，这些细胞有可能是在这些Doublet

2. 采取一些标准去除这些细胞

可以采用nFeature_RNA和nCount_RNA这些标准来去除一些处于极端条件的细胞

3. 把这些细胞与其旁边的cluster合并

当有证据证明这些cluster和其旁边的某个cluster更相似时，可以将这些cluster进行合并

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