circRNA的转录因子分析

    环状RNA研究越来越火热，大多数的机制在ceRNA机制，结合蛋白，翻译蛋白上，主要是circRNA的下游机制，上游机制怎么研究呢，我们可以找找哪些转录因子调控circRNA表达，哪些RNA剪切因子影响circRNA的表达，比如这个老师也是这么想的：

那如何来找到转录因子调控circRNA的关系呢，很简单，我们给出了预测的结果circBase 人小鼠所有circRNA的预测结果。

视频讲解

我们录制了操作视频，手把手教您使用这个数据，并对可能遇到的问题做了详解。

视频中主要讨论了5个关键问题：

（1）转录因子调控环状RNA问题的由来？

（2）为什么要将转录因子与环状RNA关联研究？

（3）转录因子靶标数据库来源于哪里？

（4）数据整理过程是怎么样的？

（5）如何来解读结果并找到调控环状RNA的转录因子？

视频教程:

纪伟讲测序-转录因子调控circRNA关系预测

附：bilibili超清视频链接：https://www.bilibili.com/video/BV1xg4y1i79c/

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1 分析结果内容如下：

解压文件后，搜索circRNA ID 找到circRNA与转录因子的对应关系。比如文件名为hsa_circ_0131431.DEK.TF.Promoter.txt 文件:

（1）chrom：转录因子结合区域所在的染色体；

（2）start：转录因子结合区域的起始位点；

（3）end：转录因子结合区域的终止位点；

（4）width：转录因子结合区域的长度；

（5）peak_name：转录因子结合区域的名称；

（6）geneChr：靶基因所在的染色体；

（7）geneStart：靶基因的起始位点；

（8）geneEnd：靶基因的结束位点；

（9）geneLength：靶基因的长度；

（10）geneSrand：靶基因的链位置；

（11）geneID：靶基因的Ensembl编号；

（12）genename：靶基因的基因名称；

（13）annotation：转录因子结合区域在靶基因的位置，Promoter表明转录因子与靶基因启动子区域结合；

（14）gene_biotype：靶基因的类型；

（15）gene_description：靶基因的基因全称；

（16）transcriptId：靶基因的转录本ID；

（17）distanceToTSS：转录因子结合区域到靶基因的距离；

（18）summit：检测结果峰值；

（19）uniprotId:转录因子蛋白的uniprot编号；

（20）tfTile：转录因子基因名称；

（21）tfgeneId：转录因子基因的Ensembl编号；

（22）tfgene_description：转录因子的基因全称；

（23）cell.set：实验细胞系；

（24）treatment.set：实验处理；

（25）exp.set：实验编号；

（26）peak-caller.set：鉴定软件；

（27）peak-caller.count：鉴定软件的数量；

（28）exp.count：实验数量；

（29）peak.count：鉴定到的总次数，小于等于前2个数的乘积。