对于科研人员来说,采用一项新技术开展课题研究无疑是令人激动的。除了可以学习新的技能以外,利用新技术还有可能收获意想不到的研究成果。
然而面对一项新技术,往往也会产生很多疑问:采用这新技术能为我的课题研究带来什么?如何将新技术巧妙地应用到我的研究之中?不同人对于技术的应用方法及其背后理论的理解是不同的。
北京大学苗成林教授曾就空间转录组学技术接受10x Genomics的采访,他采用空间基因表达来研究退行性脑病。小编为大家截取部分内容,希望通过分享他的故事和见解能够帮助你拨开空间转录组学技术迷雾,决定是否要采用此技术开展你的课题研究。
Q:你能描述一下你目前的研究项目吗?你是如何开始对这个领域感兴趣的?
A:我研究大脑空间表征系统(海马体和内嗅皮层)的分子差异,重点是衰老如何影响这一系统。具体来说,我的实验室研究的是海马体中的放置细胞和内嗅皮层中的网格细胞,它们构成了行为和记忆中位置、路径和相关经验的定量时空表征的基础。
根据世界卫生组织的数据,到2050年,60岁以上的人口将增加到20亿。尽管老年人反应他们的导航能力大幅下降,但大多数关于衰老的研究都集中在记忆和注意力的变化上,而不是空间导航。然而,我们知道,大脑导航系统的关键结构特别容易受到衰老的有害后果的影响。在记录幼年和老年小鼠的位置细胞时,我们发现,衰老导致了视野大小、放电率、稳定性和解码准确性的差异。
Q:是什么促使你考虑使用空间技术来探索你的研究问题?
A:在我们的小鼠模型中,我们希望看到衰老导致的内耳-海马网络的同步或相关变化。由于区隔是大脑的基本特征,了解不同部位(在组织中)如何协同工作是至关重要的。
Q:你认为空间方法可以解决任何技术限制或实验挑战吗?
A:单细胞RNA测序(scRNA-seq)需要生成单细胞悬浮液,这在老年小鼠中很难产生。Visium Spatial Gene Expression空间技术利用组织切片作为输入,从而克服了scRNA-seq的这一挑战。
Q:你认为空间方法可以解决任何技术限制或实验挑战吗?
A:单细胞RNA测序(scRNA-seq)需要生成单细胞悬浮液,这在老年小鼠中很难产生。Visium Spatial Gene Expression空间技术利用组织切片作为输入,从而克服了scRNA-seq的这一挑战。
Q:采用空间方法如何影响你的下一个研究问题或后续实验?
A:空间方法为我的数据提供了一个更好的、更一般化的视图,使我的科学问题能够得到详细的验证和探索。具体来说,我们希望利用Visium空间技术来探索解释幼龄和老年小鼠内耳-海马表征差异的分子机制。我们目前正在生成这些数据,并期待在未来将其发布。
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