背景知识首先通过TCGA和CCLE数据库定位到目标基因然后使用siRNA敲目标基因后做RNA-seq得到目标通路目标基因和目标通路的连接探索目标基因的生物学功能其它细胞系验证
背景知识
adeno-CRPC 和 NEPC区别
两个细胞系：
-
LNCaP，人前列腺癌细胞LNCaP克隆FGC是从一位50岁白人男性(血型B+)的左锁骨淋巴结针刺活检中分离，该患者经确诊为前列腺癌转移。
-
PC3
Hypoxia 和 Normoxia 区别
使用siRNA敲OC2，还有过表达它。
HIF2A转录调控Hypoxia
hypoxia can induce NE plasticity in PCa
测序数据都在：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE106305
首先通过TCGA和CCLE数据库定位到目标基因
主要关注一系列的 NET: neuroendocrine tumor; 数据库挖掘策略如下：
image
纳入癌症包括：
-
NEPC: neuroendocrine prostate cancer;
-
Adeno-CRPC: castration-resistant prostate adenocarcinoma;
-
SCLC: small cell lung cancer;
-
NSCLC: non-small cell lung cancer (exclusive of large cell lung cancer).
热图可视化其中的9个上调基因（转录因子）：
image
还有更多数据库挖掘细节，包括 GSE90891等等。
分析后定位到 ONECUT2 基因
image
然后使用siRNA敲目标基因后做RNA-seq得到目标通路
在PC3细胞系使用siRNA敲OC2基因，发现 Hypoxia 通路显著下调
所以首先使得PC3细胞系暴露在hypoxic条件下，再看OC2的影响，发现它被上调。
image
拿出hypoxic基因集热图可视化：
image
毫无疑问，在 hypoxic 条件下，hypoxic相关基因当然是高表达，但是敲OC2基因，可以一定程度环节hypoxic相关基因的高表达。
所以，顺理成章的推理出来：ONECUT2 regulates tumor hypoxia
目标基因和目标通路的连接
以前的研究表明HIF2A转录调控Hypoxia，但是本次敲OC2基因并没有发现HIF2A的蛋白变化了，所以它们之间有其它调控关系。而且实验表明它们也不能之间接触，所以合理的推测OC2应该是调控HIF2A的一个co-factor，所以作者这个时候需要使用ChIP-seq技术了。
首先，两个IP的peaks重合太少：
image
没办法说明下面这个现象，就是敲OC2基因可以造成HIF2A的bind水平全局下降
image
所以使用下面的策略，从两个基因集里面试图定位最后的转录调控基因。
image
接下来就探索SMAD3这个基因，使用 reChIP-Seq 技术。
-
This analysis identified 12,445 high- confidence binding sites, of which 87% overlapped with both HIF1α and SMAD3 ChIP-Seq peaks
-
In contrast, SMAD3 and HIF2α ChIP-re-ChIP-Seq identified only 324 peaks (2.7%) overlapped with both HIF2α and SMAD3 ChIP-Seq peaks
image
发现其实SMAD3 directly interacts with HIF1α but not HIF2α.
image
网友评论