前两天我们介绍了选择性多聚腺苷酸化(alternative polyadenylation ，APA)的在TCGA当中的计算数据库。以及利用TCGA-APA时间发表的一些文章。毕竟TCGA是一个多组学的数据库。既然有了APA的数据，那就可以和其他组学的数据来结合分析。比如和SNP的数据。所以就有了SNP2APA的数据库了。
1. 数据库简介
SNP2APA(http://gong_lab.hzau.edu.cn/SNP2APA/)是一个和评价SNP对于APA事件影响的数据库。作者通过TCGA数据库原始数据库获得其所有癌症当中的SNP芯片的数据。另外又通过我们之前介绍的TC3A的数据库来获得癌症患者当中的APA事件。由于是使用的TC3A的数据库，所以也是通过PDUI这个指标来评价APA事件的。进一步，作者将TCGA的SNP事件和APA事件进行联合分析。来寻找影响APA事件的SNP。
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由于目前对于SNP影响基因表型的评价主要是通过QTL的算法来做的，例如mQTL(SNP对于表达的影响)，meQTL(SNP对于甲基化的影响)。所以作者通过QTL来算法来评选SNP对于APA的影响(作者称之为apaQTL)。同时对于目标聚腺苷酸化信号（PASs）1MB以内的称之为cis-apaQTL；以外的则称之为trans-apaQTL。由于TCGA还有生存的数据，所以进行了一下生存相关的分析(也就是TC3A的数据库没有正常的PDUI，不然肯定会有差异分析的)。
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2. 数据库使用
2.1 基本检索
数据库的使用很简单，我们可以选择专门的某一项来进行分析，也可以直接做搜索栏当中数据自己目标的SNP位点；基因名。
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例如我们输入"rs12355517"这个SNP位点。关于cis; trans; survival; GWAS相关的信息。
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通过上图我们可以看到，这个位点可基因的cis调控又关系。我们点击"Box Plot"就可以看到不同SNP型当中PDUI的差异了。
2.2 survial-apaQTL
关于cis和trans显示的结果是一样的，所以我们就不展示了。至于survial的话，数据库会根据不同的SNP型来绘制生存曲线。这样我们就可以看到不同的SNP型之前的生存差异了。
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2.3 GWAS-apaQTL
对于SNP信息，在GWAS数据库里面已经提供了很多相关的表型。我们在这里可以检索apaQTL相关的SNP在GWAS表型当中的信息。
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3. 数据下载
同样的数据库提供了不同的下载方式，我们可以不同肿瘤cis; trans; survival以及GWAS的数据结果。
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数据库总结
通过了解这个数据库的背景数据，我们也知道对于APA事件使用的其实是其他数据库的结果。对于TCGA数据库而言，由于有不同组学的数据。所以就可以来进行合理的组合分析。这次这个是SNP对APA的影响。下次会不会有突变对于APA的影响。或者进一步的看甲基化+APA对于表达的影响呢？网上搜了一下，反正现在还没有相关文章。所以想发文章可以试着分析试一试的。
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