GEO数据挖掘（二）：数据下载

getGEO是GEOquery包从网络下载GEO数据并导入R的一个函数，正因为依赖于网络原因，经常会遇到下载失败的情况，尤其是下载样品较多的数据集。所以优先推荐直接在官网上下载。

GEO数据集下载

下载完成后，和R脚本放同一个目录下，然后再使用getGEO函数导入R。

library(GEOquery)
eSet <- getGEO("GSE23610",destdir = ".", AnnotGPL = F, getGPL = F)

由于getGEO严重依赖于网络，即使提前下载好和R脚本放一个目录下，只要不联网，也会遇到导入速度特别慢甚至不成功，所以初次导入成功时，保存为rds格式，后面分析再导入就很快了。

saveRDS(eSet,"eSet.rds")
eSet <- readRDS(file = "eSet.rds")