本文会不定期更新药物靶点相关的数据库,先放上数据库名称合集及部分数据库简介,空闲时间再把其他数据库简介补齐。
1. GDSC数据库:
引用:
抗癌药物敏感性数据库GDSC:https://www.bilibili.com/read/cv6018538/
这篇文章较有详细的GDSC的使用步骤。
GDSC可以用于:
- 药物敏感性基因特征分析;
- 细胞系药物敏感性数据;
- 细胞系的基因组突变与CNV变异数据,表达谱数据及甲基化数据;
2. CancerDR 数据库:
主要用途:
① 可以找出属于特定组织类型的细胞系和每种药物的药物敏感性;
② 开发者预测了所有涉及靶点的三级结构及其突变体。
其访问链接:http://crdd.osdd.net/raghava/cancerdr/
CancerDR数据库作者的论文:《CancerDR: Cancer Drug Resistance Database》 (2013-03-13)
开发者是基于CCLE,COSMIC,PubChem和Therapeutic Target数据库进行整合分析的。
开发者共收集了952个细胞系进行了148种抗癌药物的药理学分析(36种FDA批准药物,48种临床试验药物和64种实验药物)。其中,130种药物已用于靶向治疗,18种是细胞毒性药物(截止2013年)。
抗肿瘤药物的靶向点分布 用于药理分析的癌细胞系所属组织占比 建库示意图
引用:
【收藏】生物数据库大合集: https://zhuanlan.zhihu.com/p/174385626药物数据库
DGIdb:药物-基因
Pubchem:化合物/信息/结构
CTD:信息/化合物/互作
NRDTD:药物-ncRNA
ETCM:中药/靶分子/功能/疾病
BATMAN-TCM:中药/靶分子/功能/疾病
TCMSP:中药成分/靶分子/疾病
TCMID:中药信息
SymMap : 整合型
VigiBase :药物不良数据库
引用:
药物靶点搜索数据库:https://zhuanlan.zhihu.com/p/140787824
常用药物靶点搜索查询的数据库:
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