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药物靶点相关数据库

药物靶点相关数据库

作者: 阿ll | 来源:发表于2020-11-04 22:40 被阅读0次

    本文会不定期更新药物靶点相关的数据库,先放上数据库名称合集及部分数据库简介,空闲时间再把其他数据库简介补齐。

    1. GDSC数据库:

    引用:
    抗癌药物敏感性数据库GDSC:https://www.bilibili.com/read/cv6018538/
    这篇文章较有详细的GDSC的使用步骤。

    GDSC可以用于:
    1. 药物敏感性基因特征分析;
    2. 细胞系药物敏感性数据;
    3. 细胞系的基因组突变与CNV变异数据,表达谱数据及甲基化数据;

    2. CancerDR 数据库:

    主要用途:
    ① 可以找出属于特定组织类型的细胞系和每种药物的药物敏感性;
    ② 开发者预测了所有涉及靶点的三级结构及其突变体。
    其访问链接:http://crdd.osdd.net/raghava/cancerdr/

    CancerDR数据库作者的论文:《CancerDR: Cancer Drug Resistance Database》 (2013-03-13)
    开发者是基于CCLE,COSMIC,PubChem和Therapeutic Target数据库进行整合分析的。

    开发者共收集了952个细胞系进行了148种抗癌药物的药理学分析(36种FDA批准药物,48种临床试验药物和64种实验药物)。其中,130种药物已用于靶向治疗,18种是细胞毒性药物(截止2013年)。


    抗肿瘤药物的靶向点分布 用于药理分析的癌细胞系所属组织占比 建库示意图

    引用:
    【收藏】生物数据库大合集: https://zhuanlan.zhihu.com/p/174385626

    药物数据库

    DGIdb:药物-基因
    Pubchem:化合物/信息/结构
    CTD:信息/化合物/互作
    NRDTD:药物-ncRNA
    ETCM:中药/靶分子/功能/疾病
    BATMAN-TCM:中药/靶分子/功能/疾病
    TCMSP:中药成分/靶分子/疾病
    TCMID:中药信息
    SymMap : 整合型
    VigiBase :药物不良数据库

    引用:
    药物靶点搜索数据库:https://zhuanlan.zhihu.com/p/140787824

    常用药物靶点搜索查询的数据库:

    1. DrugBank
    2. PubChem
    3. Therapeutic Target Database
    4. ChEMBL

    https://zhuanlan.zhihu.com/p/79261827?from_voters_page=true

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