只有基因组，想画一个代谢图，折腾了好几天，最后发现仔细看官网文档是最快的，网页搜到的很少有详细讲解的，大多都是只讲一个部分，所以老老实实看官网是最快的。当然若是能检索到中文的全面的介绍文字或者是有人带那样会更快，但是我想大多数人还是自己默默前行，因此将最近的一点学习共享。
首先链接一篇文献，是讲kegg mapper的，这是在kegg官网上给出的一篇如何绘制代谢图 的文献，若是在没有合适的流程的情况下，这篇文献是非常合适的。
KEGG Mapper for inferring cellular functions from protein sequences
https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/pro.3711
看了很多帖子，只有酸菜博主的这篇写的非常详细，可以作为流程走下来，对初学者帮助很大，因此在此转载。
当我们通过高通量实验（芯片、测序、IP-质谱）或公开数据库（GEO、TCGA、Oncomine）下载分析获得的差异表达分子列表后，在后续的功能注释过程中，几乎都会涉及到KEGG注释及富集分析。
那么当我们找到某些感兴趣的基因或通路后，能不能仅用我们感兴趣的基因绘制漂亮的KEGG代谢通路图呢？就像下面这样的！
答案是肯定的，今天小编给大家分享两种自主绘制高逼格KEGG通路图的方法，让大家通过点点点就能追上那些女神般的Pathway。
方法一
登录http://www.uniprot.org网站，点击 Retrieve/ID mapping按钮，跳转新界面。
将Excel表里面GeneSymbol基因拷贝至Provide your identifiers下面的输入框中。
接着分别设置select options下面三个为Gene name、UniProtKB、Homo sapiens (Human)[9606]，然后点击submit按钮，可跳转新页面显示转换的结果。
左方导航栏里点击Reviewed的按钮，右方表格上方有Download按钮，将格式改为Excel，点击Go下载表格。
将压缩包解压后，打开Excel表，将转换后的网页第二列即Entry这一列拷贝到原来的excel表里面。
然后打开KEGG官网http://www.kegg.jp ，在 KEGG 首页，点击 KEGG Mapper。
在 KEGG Mapper页面点击Search & Color Pathway。
将转换好的基因以及标记的颜色从Excel中黏贴至输入框中。一般设定用红色标记上调的分子，蓝色标记下调的分子，有特殊需要可以特殊标记。
然后设置其他参数， Organism-specific默认为hsa、Optional use of outside ID选择uniprot、Include aliases勾上不变，最后点击下方Exec按钮。
在跳转的页面里，显示检索的结果，可以看到一共有138条通路被富集到了，这些检索的结果就是后续柱状图的素材来源。
点击信号通路，可进入通路图谱页面，这里可以打开参与通路分子最多的信号图谱看一下；
点击最末尾的数字，下方展开分子列表，如点击这里的“10”，显示参与这条通路的10个分子。
先将KEGG Mapper Search Result中的数据结果按分子数量整理一个表格，收集5-10个分子这个区间，一共有26个通路。
然后，在excel表里面进行数据转置，由竖行排列转置为横行排列。
打开prism8软件，选择column，然后点击Create按钮，
将横置后的数据拷贝至data1中，点击Graphs中的Data1，在跳出窗口中选择第4个选项，点击OK。
通过调节柱子颜色、X轴和Y轴长度和名称等个性化设置后，就可以获得好看的横向柱状图。
方法二
Pathview本是一个通路可视化友好的R包，支持多组学数据映射（基因/蛋白-代谢）。现阶段更是开发出了一个界面友好的在线工具界面Pathview网页版，成为了一个能在相关通路图上绘制、整合和呈现各种生物学数据的数据库。
该网站不仅可以提供简单的交互式访问，还能生成高质量的超链接图形。而在正式分析前，我们需要将感兴趣的通路和基因整理成以下表格，第一列为基因名称（各种Id,symbol都可），后面几列为相对表达值。
而后，将预准备好的基因和表达水平从excel拷贝到txt文本，保存。
接下来，进入Pathview官网https://pathview.uncc.edu/ ，右上角注册后登录，如果有账号可以直接登录，没有账号的也可以直接点击Quick Start。
在新的页面中点击New Analysis，再点击Gene Data右边的选择文件按钮，选择刚才保存的txt文件。
在新跳出窗口的左边选择前3个作为对照组，右边选择后3个作为实验组，点击close，如果点错了还能回去继续修改。
接下来Gene ID Type格式选择uniprot，Pathway Selection选择Auto，点击Submit按钮；
等进度条走完，再点击Analysis Result and logs按钮，可以看到结果汇总有3条通路。
点击链接即可出现相应的通路图：PI3K-AKT通路、Apotosis通路、Focal Adhesion通路。
至于为什么KEGG Mapper检索出来有136条，而Pathview最终却只有3条通路，而且这3条归属于136条之内：这是由于数据库收录来源和算法不同等客观原因造成。
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