在昨天LnCeVar数据库介绍当中，我们提到了两个基于实验方法查询miRNA功能的数据库。正好今天介绍的这个是基于实验收集的lncRNA功能的数据库。所以就合在一起介绍了。
TarBase
TarBase(http://www.microrna.gr/tarbase)目前已经更新到V8版本了。对于一个更新版本这么多的数据库，说明整个团队还是对于这个研究方向很有经验的。另外也说明基本上也能保证数据库的及时更新的。
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对于这个数据库使用，还是很简单的我们只要数据自己想要查询的基因/miRNA即可。
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需要注意的是，这里我们需要输入的是一个成熟体的miRNA。例如：hsa-miR-34a-5p。关于miRNA的命名的话，网上有很多介绍的。百度一下就知道了。
言归正传，如果我们输入miRNA以及Genes就代表我们想看没有没这两个相关的实验。如果只输入一种一个，就代表检索和这个miRNA所有相关的研究。这里我们输入：hsa-miR-34a-5p以及E2F3。则可以看到检索的结果。结果显示，这两个存在相互作用的关系。
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我们点击其中一个的下拉简单就可以看到具体的结果信息了。首先看到的是每一个文献的具体实验方法；所有细胞系。再点击具体的下拉简单就可以看到具体的实验方法；实验结果信息。
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具体的使用就是这些。另外我们可以下载这个数据库所有的结果。不过要下载的话，需要申请。这个有需要的可以试着去申请一下。
miRTarBase
miRTarBase(http://mirtarbase.mbc.nctu.edu.tw/php/index.php)也是一个基于实验基础的miRNA绑定基因查询数据库。向上于👆的那个数据库，这个数据库只能通过miRNA的输入来进行检索。同时呢，这个数据库还可以输入前体miRNA,例如：mir-122。
PS：前体和成熟体的区别在于一个是mir一个是miR哈。
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检索完之后，我们就能知道所有和mir-122相关的结果了。其中包括人类和老鼠的结果。同时也能看到miRNA的靶标以及做的是什么实验。
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点击具体的ID之后，我们可以看到详细信息：
- miRNA相关的信息包括前体和成熟体的信息
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- 目标基因的信息以及预测到的结合位点
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- 相关文献的证据
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- 在多个数据集里面表达的miRNA和mRNA表达的相关性。其中包括GEO和TCGA
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- miRNA相关的网络图
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LncTarD
上面两个我们介绍的是miRNA相关的实验查询。下面这个则是和lncRNA有关的实验结果的查询。LncTarD(http://bio-bigdata.hrbmu.edu.cn/LncTarD/)是一个基于实验基础的预测lncRNA靶标一起功能的数据库。这个数据库的使用，和👆的那个一样，也是输入想要查询的lncRNA即可。这里我们搜索: HOXA11-AS
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通过检索，我们就可以看到得到和这个lncRNA相关的结果了。这个是以表格的形式呈现的。
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我们点击某一个相互作用的Details。就可以看到更加详细的信息。主要包括：
- 详细的证据描述
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- 现在的一些数据库吧，如果不放点儿TCGA的分析。可能觉得跟不上趟。所以就肯定有了和这个lncRNA和目标基因在TCGA当中的差异分析的结果。
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- 两个基因在TCGA数据库当中相关分析的结果。
不过呢。。。这个数据库使用的是两者基因原始的TPM数据来进行相关分析的。原始的TPM数据的话，其实是偏态的(看下面的散点图就可以看出来)。这样使用皮尔斯的话，其实是不适合的。所以结合还是不一定准确的。仅供参考吧。最好还是要么参考GEPIA2对数据进行转化成log2(TPM+1)然后进行相关分析。要么看一下数据的spearman分析的结果。
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数据库总结：
对于这类总结已经发表的文献的数据库，其实最重要的还是更新的速度。毕竟总结的都是既往发表的文献嘛。如果这样的数据库知识在发表的就更新一次。那过一些时间数据就太老了。也就没有很大的使用价值了。但是至少miRTarBase和TarBase一直在更新的。所以也还好。至于LncTarD由于是今年刚刚发表的。所以就算不更新，那两年之内应该也是可以使用的。
好了，今天就到这里。如果对你有帮助记得分享一下的哦。
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