由于认识的误区，国内许多企业领导盲目的认为软件业是低成本、高回报的产业，丝毫不考虑风险问题；由于观念的落后，更多的客户既想做非常宏大的中小企业MES软件，又不愿加大投资；由于经验不足，有许多项目在需求调研阶段就没有明确的范围或偏离了方向，进度、资金、工作量估计严重不足，而客户往往在项目交付后才学会提需求，使项目没完没了；由于企业人员能力问题，使得MES在应用的效果上远远达不到“企业领导的要求；由于管理水平的低下和软件本身的智力密集性，实施过程很难控制，个人英雄主义的普遍存在，致使MES项目实施的成败把握在个别人手里......许许多多的不安全性导致了MES项目实施的成功率一直无法提高，这里提到的不安全性，就是MES项目实施过程中存在的风险。
MES系统的应用是一项高风险、高投入的项目，实施的整个过程存在种种风险。就整个实施过程来看，风险问题可以从以下四个方面来研究：即企业管理变革、方案及系统的选择、系统的实施过程和系统的试用。在MES项目实施的过程中，如何有效的控制这几种风险的发生是至关重要的。
要控风险问题，MES项目实施必须控制好四大因素，即价值、领导、执行力和宣传。让企业各级领导及员工充分认同信息化的作用，提高项目组成员在项目实施过程中的协作力度，明晰各自的职责，提高执行能力。且在任何一个项目管理中，进度、成本和质量都是三个最为关键的因素。在MES项目实施管理中也不例外，如何使三个目标协同并进，折中平衡，是满足项目各方利益的关键，也是控制风险问题需要探讨的策略。首先，项目要制定合理的进度计划，项目的进度安排不能太紧张，因为追求快进度要付出高成本，但也不能太松弛，因为项目中缺乏应有的紧张感又会导致团队办事拖沓，效率低下。最好的解决办法是各项工作安排紧凑，总时间安排上留有一定的余地。其次，要追求最经济的效果，不唯美求全，不陷入细节，避免为个别对整体效果影响不大的需求付出昂贵的代价。项目要追求性能成本比最佳，要避免质量过剩造成的成本浪费（ MES系统 ），要在质量指标能接受的范围内追求进度，要考虑项目投入使用时间的拖延所产生的机会成本。
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